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全細(xì)菌SELEX法篩選糞腸球菌特異性適配體

作者:巫朦朦; 蔡蓉鳳; 田亞平; 周楠迪 江南大學(xué)生物工程學(xué)院; 糖化學(xué)與生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 江蘇無錫214122

摘要:腸球菌(Enterococcus)是內(nèi)源性和外源性醫(yī)院感染的第二大病原菌,檢出率僅次于大腸桿菌,從分子水平上發(fā)展靶標(biāo)的高親和力分子探針對(duì)腸球菌的識(shí)別和檢測具有非常重要的意義。本研究以糞腸球菌為靶標(biāo),運(yùn)用全細(xì)菌指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)(whole-bacteria systematic evolution of ligands by exponential enrichment, whole-bacteria SELEX),從全長為79個(gè)核苷酸包含35個(gè)隨機(jī)堿基序列的單鏈DNA文庫中篩選與靶標(biāo)高親和力、高特異性結(jié)合的適配體,利用熒光分析法監(jiān)控篩選過程中不同輪次所得次級(jí)文庫與糞腸球菌的結(jié)合力,經(jīng)12輪篩選和克隆測序,獲得了39條適配體序列。進(jìn)一步對(duì)篩選得到的適配體進(jìn)行序列比對(duì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、流式細(xì)胞分析、解離常數(shù)(Kd)測定及特異性驗(yàn)證,最終獲得一條與糞腸球菌能特異性結(jié)合的適配體Apt 21,其K_d值為549.2±147.4 nmol/L。該適配體可作為糞腸球菌檢測的識(shí)別元件,為建立基于適配體的新型糞腸球菌檢測方法奠定了基礎(chǔ)。

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