時(shí)間：2022-05-21 05:29:27
序論：在您撰寫信息學(xué)論文時(shí)，參考他人的優(yōu)秀作品可以開闊視野，小編為您整理的7篇范文，希望這些建議能夠激發(fā)您的創(chuàng)作熱情，引導(dǎo)您走向新的創(chuàng)作高度。
一、計(jì)算機(jī)化病歷
計(jì)算機(jī)化病歷是醫(yī)學(xué)信息學(xué)的一個(gè)重要研究方向。它是指存在一個(gè)系統(tǒng)中的電子病歷，這個(gè)系統(tǒng)可支持使用者獲得完整、準(zhǔn)確的資料；提示和警示醫(yī)療人員；給予臨床決策服務(wù)；連接管理、書刊目錄、臨床基礎(chǔ)知識(shí)以及其他設(shè)備[2]。電子病歷的優(yōu)點(diǎn)如下：完整的電子病歷存儲(chǔ)系統(tǒng)支持多個(gè)用戶同時(shí)查看，保證個(gè)人醫(yī)療信息的共享與交流。通過網(wǎng)絡(luò)，醫(yī)師可以在家中或在世界任何一個(gè)角落隨時(shí)獲得患者的電子病歷。同時(shí)可根據(jù)不同的用戶給予不同的資料查詢權(quán)限，從而保證了病歷的安全性。授權(quán)用戶在適當(dāng)時(shí)間才能查看合適的病歷。
此外，電子病歷不再是一個(gè)被動(dòng)的醫(yī)療記錄。論文通過與圖像信息的整合，可提供實(shí)時(shí)醫(yī)療監(jiān)控，藥物劑量查詢等多種功能。電子病歷已成為新興信息技術(shù)和信息工具的基礎(chǔ)。
電子病歷目前可大致分為單機(jī)電子病歷和網(wǎng)上電子病歷兩種。網(wǎng)上電子病歷的優(yōu)點(diǎn)是采用了ASP服務(wù)器提供全球，安全性與數(shù)據(jù)完整性則由ASP供應(yīng)商解決；缺點(diǎn)則是數(shù)據(jù)不在醫(yī)師所工作的計(jì)算機(jī)上。
雖然醫(yī)療界投入巨資，電子病歷仍存在許多問題亟待解決[3]。首先，病歷數(shù)據(jù)的輸入界面仍不夠簡單；其次，電子病歷需要統(tǒng)一的醫(yī)學(xué)用語標(biāo)準(zhǔn)。目前，美國國家醫(yī)學(xué)圖書館已制定出統(tǒng)一醫(yī)學(xué)用語系統(tǒng)(unifiedmedicallanguagesystem，UMLS)，這一系統(tǒng)包含了近一百萬個(gè)術(shù)語描述醫(yī)學(xué)概念。一旦該系統(tǒng)得以推廣，將極大地促進(jìn)全球醫(yī)學(xué)用語的標(biāo)準(zhǔn)化。
二、醫(yī)學(xué)信息系統(tǒng)
醫(yī)學(xué)信息系統(tǒng)與其他工業(yè)系統(tǒng)有很大的不同。畢業(yè)論文不同的部門對(duì)信息的要求不同，這是對(duì)醫(yī)學(xué)信息系統(tǒng)最大的挑戰(zhàn)。例如，信息系統(tǒng)用戶可分為基本用戶和二級(jí)用戶，基本用戶包括醫(yī)師和其他護(hù)理人員；二級(jí)用戶則包括醫(yī)療保險(xiǎn)公司、政府醫(yī)療保險(xiǎn)機(jī)構(gòu)等。不同用戶需要的信息不同，導(dǎo)致信息管理的復(fù)雜性。同時(shí)，如何有效地利用不同的信息系統(tǒng)解決不同的醫(yī)療管理也日益成為人們重視的課題。
信息系統(tǒng)包括實(shí)驗(yàn)測試系統(tǒng)、醫(yī)療設(shè)備訂購與維護(hù)系統(tǒng)及影像圖片存儲(chǔ)與交換系統(tǒng)等，存儲(chǔ)于不同的計(jì)算機(jī)和不同的信息網(wǎng)絡(luò)中。對(duì)于特定的用戶來說，前端界面可能有所不同，但是后端數(shù)據(jù)必須是一體化和標(biāo)準(zhǔn)化的。
醫(yī)學(xué)信息系統(tǒng)包括企業(yè)資源規(guī)劃系統(tǒng)(ERP)、患者關(guān)系管理系統(tǒng)(patientrelationshipmanage—ment，PRM)、數(shù)據(jù)挖掘及決策支持系統(tǒng)等|4J。ERP技術(shù)在商業(yè)領(lǐng)域取得巨大成功，近年來，其在醫(yī)療機(jī)構(gòu)中也得到廣泛應(yīng)用。其特點(diǎn)是將企業(yè)信息整合為一體(整合的數(shù)據(jù)庫)，所以各系統(tǒng)都提供一致的數(shù)據(jù)。一次輸入，多次使用，有效地降低了輸入費(fèi)用，并保證各系統(tǒng)得到完整、實(shí)時(shí)、一致的數(shù)據(jù)。其次，ERP系統(tǒng)可用來決策醫(yī)療設(shè)備訂購、管理和維護(hù)，例如通過一個(gè)整合的數(shù)據(jù)庫，根據(jù)病床的使用率，ERP系統(tǒng)可自動(dòng)選擇最合適的時(shí)間對(duì)醫(yī)療設(shè)備進(jìn)行維護(hù)。PRM是側(cè)重于患者需求的信息管理系統(tǒng)。PRM記錄患者生活習(xí)慣、個(gè)人病史、家庭病史以及過敏反應(yīng)等，醫(yī)院從而可提供更加個(gè)性化的醫(yī)療服務(wù)。同時(shí)通過PRM，患者也可向醫(yī)院詢問醫(yī)療方案。數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)在醫(yī)療管理上也日益重要，這種技術(shù)的主要優(yōu)點(diǎn)是降低成本，為醫(yī)師提供最有價(jià)值的信息，從而提高醫(yī)療診斷的質(zhì)量。Bresnahan[5]指出，上千種的服務(wù)、多種治療方案以及相互關(guān)系使信息系統(tǒng)越來越復(fù)雜，而這種復(fù)雜性推動(dòng)了數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)在醫(yī)療上的使用，已遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過其在銀行業(yè)和零售業(yè)的應(yīng)用范圍。
三、醫(yī)療決策系統(tǒng)
醫(yī)學(xué)實(shí)踐最重要的是作出正確的醫(yī)療診斷，因此醫(yī)學(xué)信息學(xué)將研究重點(diǎn)也放在決策系統(tǒng)上。碩士論文決策系統(tǒng)不僅需要先進(jìn)的信息科學(xué)技術(shù)和工具，而且需要理解醫(yī)師如何利用推理知識(shí)作出醫(yī)療判斷。
當(dāng)前決策系統(tǒng)主要基于兩種方法論：著重于統(tǒng)計(jì)分析的定量分析法，以及側(cè)重于邏輯推理的專家系統(tǒng)法。定量分析法產(chǎn)生于上世紀(jì)50和60年代，主要用于解決心臟疾病和異常疼痛等臨床問題。早期系統(tǒng)以概率決策理論為解決問題的依據(jù)。最新的此類系統(tǒng)以美國Stanford大學(xué)PANDA項(xiàng)目最為著名[6]。PANDA項(xiàng)目使用了決策分析技術(shù)，主要應(yīng)用于胎兒期診斷，根據(jù)概率分析方法對(duì)胎兒期中的問題作出最有利于患者的選擇。專家系統(tǒng)法以邏輯推理為解決問題的核心。最著名的第一代專家系統(tǒng)是MYCIN系統(tǒng)[7]。此系統(tǒng)主要用于對(duì)多種傳染病的診斷和治療，其中的醫(yī)學(xué)知識(shí)不是包含于工具中，而是存儲(chǔ)在規(guī)則中。第二代專家系統(tǒng)則以Asgaard系統(tǒng)最為成功[8]。系統(tǒng)大大擴(kuò)展了MYCIN的功能，并補(bǔ)充了一系列的推理方法，其中包含了所有相關(guān)領(lǐng)域中的復(fù)雜知識(shí)。通過與數(shù)據(jù)庫的連接，系統(tǒng)可自動(dòng)提取帶有時(shí)間標(biāo)志的數(shù)據(jù)，而這種功能則使系統(tǒng)可針對(duì)某個(gè)患者作出特定階段最適合的治療方式。另外通過反溯法可比較不同的醫(yī)療護(hù)理，并作出相應(yīng)的質(zhì)量報(bào)告。
四、影像信息學(xué)技術(shù)
自上世紀(jì)70年代中期，以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的醫(yī)學(xué)影像學(xué)隨著數(shù)學(xué)、生物物理學(xué)和工程模型學(xué)蓬勃發(fā)展起來。但是由于各類學(xué)術(shù)會(huì)議側(cè)重于影像，而忽視了信息學(xué)，導(dǎo)致醫(yī)學(xué)影像信息學(xué)科發(fā)展緩慢。
直到近年，界面友好的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)庫與二維、三維結(jié)構(gòu)及可視化的結(jié)合將醫(yī)學(xué)影像信息學(xué)帶入了一個(gè)嶄新的時(shí)代。開始于1990年的“可視人”項(xiàng)目提供了大量的人體模擬圖像，這一技術(shù)的廣泛應(yīng)用帶動(dòng)了各類解剖學(xué)教育軟件的開發(fā)，更為重要的是引發(fā)了關(guān)于模型、摸擬及大型數(shù)字化圖像搜索等一系列的信息學(xué)問題。同一時(shí)間開始的“人類大腦”項(xiàng)目則直接導(dǎo)致了大量關(guān)于大腦數(shù)據(jù)圖譜登記、分ShanghaiMedJ，2004，VoI27，No9區(qū)等課題的開展。新的信息學(xué)、生物計(jì)量學(xué)、計(jì)算圖像學(xué)的結(jié)合，使人們重新認(rèn)識(shí)到影像信息與模擬學(xué)的重要性。
現(xiàn)代影像信息學(xué)研究的重點(diǎn)包括圖像傳遞標(biāo)準(zhǔn)、傳遞規(guī)則、醫(yī)學(xué)術(shù)語、信息壓縮、圖像數(shù)據(jù)庫索引及圖像病例傳遞安全等。從“虛擬細(xì)胞”[9]到“虛擬人”[10]，當(dāng)前影像信息學(xué)從分子水平、細(xì)胞水平、組織水平到個(gè)體都得到廣泛的應(yīng)用。然而，醫(yī)學(xué)信息學(xué)面臨著更多亟待解決的現(xiàn)實(shí)問題。影像信息的完整化需要更深層的科學(xué)、技術(shù)和醫(yī)療實(shí)踐的結(jié)合，包括對(duì)二維和三維圖像自動(dòng)分區(qū)與注冊(cè)的新技術(shù)；數(shù)據(jù)抽象與概括；圖像數(shù)據(jù)庫中生物多樣性來解釋群體圖像數(shù)據(jù)和表現(xiàn)型與基因型之間的關(guān)系；開發(fā)醫(yī)學(xué)信息數(shù)據(jù)注釋語言整合高級(jí)圖像系統(tǒng)和醫(yī)院信息系統(tǒng)等。
五、遠(yuǎn)程醫(yī)療與互聯(lián)網(wǎng)
隨著寬帶網(wǎng)進(jìn)入千家萬戶，遠(yuǎn)距離傳遞診斷和患者管理信息成為可能，遠(yuǎn)程醫(yī)療成為新的研究熱點(diǎn)。通過網(wǎng)絡(luò)電視和無線技術(shù)，使醫(yī)師及患者能隨時(shí)傳遞相應(yīng)的醫(yī)學(xué)相關(guān)信息，從而為遠(yuǎn)程醫(yī)療開創(chuàng)了更為廣闊的應(yīng)用前景。然而遠(yuǎn)程醫(yī)療昂貴的醫(yī)療費(fèi)用使其現(xiàn)階段只限于特定的人群。
互聯(lián)網(wǎng)的出現(xiàn)提供了圖片和文字傳輸?shù)慕橘|(zhì)，而且為醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供了海量的信息數(shù)據(jù)。英語論文在互聯(lián)網(wǎng)的幫助下，醫(yī)師不僅可以全球共享醫(yī)學(xué)資源，而且可以針對(duì)某一特殊病例進(jìn)行廣泛的交流。例如，美國國家醫(yī)學(xué)圖書館提供醫(yī)藥在線(MEDLINE)數(shù)據(jù)庫，其成員可查看、打印各類文獻(xiàn)資料；醫(yī)學(xué)網(wǎng)(CLINICWEB)則提供所有臨床信息的索引，是醫(yī)學(xué)界常用的搜索引擎。同時(shí)互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展為一些身患相同病癥人群的相互交流提供了可能，此類患者交流組織的形成有利于自我尋找最合適的治療。
六、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)的重要性
電子病歷和病案的大量應(yīng)用、醫(yī)療設(shè)備和儀器的數(shù)字化，使得醫(yī)院數(shù)據(jù)庫的信息容量不斷地膨脹。然而簡單存儲(chǔ)信息只是數(shù)據(jù)庫的低端操作，數(shù)據(jù)的集成和分析以及醫(yī)學(xué)決策和知識(shí)的自動(dòng)獲取才是信息學(xué)研究的重點(diǎn)。要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行加工和分析，數(shù)據(jù)必須以特定的結(jié)構(gòu)方式來存儲(chǔ)。數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)允許計(jì)算機(jī)輕易地傳遞符號(hào)和像素，并大大提高信息處理的速度。然而，這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)不是僅由輸入來決定的，醫(yī)護(hù)人員必須有一約定俗成的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)，并為社會(huì)所公認(rèn)。這一數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)明確了數(shù)據(jù)庫中存儲(chǔ)的特殊符號(hào)所具有的涵義。其作用正如字典一樣，起到咨詢和定義的功能。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)又可分為文字標(biāo)準(zhǔn)和信息標(biāo)準(zhǔn)。
文字標(biāo)準(zhǔn)是指標(biāo)準(zhǔn)必須以文字形式表示，而不能以圖像形式表達(dá)，國際上稱為醫(yī)療數(shù)據(jù)系統(tǒng)，它包括一系列有特定涵義的單詞。意識(shí)到標(biāo)準(zhǔn)的重要性，越來越多的醫(yī)學(xué)和信息組織參與到此標(biāo)準(zhǔn)的制訂中來。其中最著名的為美國病理協(xié)會(huì)制訂的人類與獸類醫(yī)學(xué)系統(tǒng)術(shù)語標(biāo)準(zhǔn)SNOMED和英國健康中心制訂的醫(yī)學(xué)系統(tǒng)術(shù)語標(biāo)準(zhǔn)ReadCodes。
信息標(biāo)準(zhǔn)則同時(shí)定義文字和圖像數(shù)據(jù)。當(dāng)今最通用的信息標(biāo)準(zhǔn)稱為HL7(HealthLevelSeven)，也可稱為標(biāo)準(zhǔn)衛(wèi)生信息傳輸協(xié)議，其中又包括醫(yī)學(xué)數(shù)字化圖像和傳遞標(biāo)準(zhǔn)(DICOM)。HL7標(biāo)準(zhǔn)確定了數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)中信息傳遞的順序和格式，涵蓋了實(shí)驗(yàn)測試術(shù)語、藥品設(shè)備采購術(shù)語、收費(fèi)術(shù)語、出院轉(zhuǎn)院術(shù)語及電子監(jiān)護(hù)術(shù)語等，并提供了一種類似于數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)，利于患者信息在電子病歷系統(tǒng)、實(shí)驗(yàn)室系統(tǒng)等多種數(shù)據(jù)系統(tǒng)中傳遞。
DICOM可明確圖像在數(shù)據(jù)流傳遞過程中壓縮和加密的格式，并確定CT圖像或B超圖像在數(shù)據(jù)庫中存儲(chǔ)的方式。
七、結(jié)語
醫(yī)學(xué)信息學(xué)是計(jì)算機(jī)技術(shù)、生物物理學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)等與現(xiàn)代醫(yī)療結(jié)合的新興學(xué)科，也是提高醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量、醫(yī)院管理水平和降低成本的必然結(jié)果。這一學(xué)科需要多領(lǐng)域科研人員和醫(yī)務(wù)工作者的大力合作?？梢灶A(yù)見，不久的將來醫(yī)學(xué)信息學(xué)將在醫(yī)院管理、教學(xué)和科研、疾病的預(yù)防、診斷和治療等方面發(fā)揮巨大和不可替代的作用，并將帶動(dòng)整個(gè)醫(yī)學(xué)界的革新。
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[論文摘要]生物信息學(xué)是80年代以來新興的一門邊緣學(xué)科，信息在其中具有廣闊的前景。伴隨著人類基因組計(jì)劃的勝利完成與生物信息學(xué)的發(fā)展有著密不可分的聯(lián)系，生物信息學(xué)的發(fā)展為生命科學(xué)的發(fā)展為生命科學(xué)的研究帶來了諸多的便利，對(duì)此作了簡單的分析。
一、生物信息學(xué)的產(chǎn)生
21世紀(jì)是生命科學(xué)的世紀(jì)，伴隨著人類基因組計(jì)劃的勝利完成，與此同時(shí)，諸如大腸桿菌、結(jié)核桿菌、啤酒酵母、線蟲、果蠅、小鼠、擬南芥、水稻、玉米等等其它一些模式生物的基因組計(jì)劃也都相繼完成或正在順利進(jìn)行。人類基因組以及其它模式生物基因組計(jì)劃的全面實(shí)施，使分子生物數(shù)據(jù)以爆炸性速度增長。在計(jì)算機(jī)科學(xué)領(lǐng)域，按照摩爾定律飛速前進(jìn)的計(jì)算機(jī)硬件，以及逐步受到各國政府重視的信息高速公路計(jì)劃的實(shí)施，為生物信息資源的研究和應(yīng)用帶來了福音。及時(shí)、充分、有效地利用網(wǎng)絡(luò)上不斷增長的生物信息數(shù)據(jù)庫資源，已經(jīng)成為生命科學(xué)和生物技術(shù)研究開發(fā)的必要手段，從而誕生了生物信息學(xué)。
二、生物信息學(xué)研究內(nèi)容
（一）序列比對(duì)
比較兩個(gè)或兩個(gè)以上符號(hào)序列的相似性或不相似性。序列比對(duì)是生物信息學(xué)的基礎(chǔ)。兩個(gè)序列的比對(duì)現(xiàn)在已有較成熟的動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法，以及在此基礎(chǔ)上編寫的比對(duì)軟件包BALST和FASTA，可以免費(fèi)下載使用。這些軟件在數(shù)據(jù)庫查詢和搜索中有重要的應(yīng)用。有時(shí)兩個(gè)序列總體并不很相似，但某些局部片斷相似性很高。Smith-Waterman算法是解決局部比對(duì)的好算法，缺點(diǎn)是速度較慢。兩個(gè)以上序列的多重序列比對(duì)目前還缺乏快速而又十分有效的算法。
（二）結(jié)構(gòu)比對(duì)
比較兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白質(zhì)分子空間結(jié)構(gòu)的相似性或不相似性。
（三）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測
從方法上來看有演繹法和歸納法兩種途徑。前者主要是從一些基本原理或假設(shè)出發(fā)來預(yù)測和研究蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和折疊過程。分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)屬這一范疇。后者主要是從觀察和總結(jié)已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)規(guī)律出發(fā)來預(yù)測未知蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。同源模建和指認(rèn)（Threading）方法屬于這一范疇。雖然經(jīng)過30余年的努力，蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測研究現(xiàn)狀遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足實(shí)際需要。
（四）計(jì)算機(jī)輔助基因識(shí)別
給定基因組序列后，正確識(shí)別基因的范圍和在基因組序列中的精確位置.這是最重要的課題之一，而且越來越重要。經(jīng)過20余年的努力，提出了數(shù)十種算法，有十種左右重要的算法和相應(yīng)軟件上網(wǎng)提供免費(fèi)服務(wù)。原核生物計(jì)算機(jī)輔助基因識(shí)別相對(duì)容易些，結(jié)果好一些。從具有較多內(nèi)含子的真核生物基因組序列中正確識(shí)別出起始密碼子、剪切位點(diǎn)和終止密碼子，是個(gè)相當(dāng)困難的問題，研究現(xiàn)狀不能令人滿意，仍有大量的工作要做。
（五）非編碼區(qū)分析和DNA語言研究
在人類基因組中，編碼部分進(jìn)展總序列的3－5%，其它通常稱為“垃圾”DNA，其實(shí)一點(diǎn)也不是垃圾，只是我們暫時(shí)還不知道其重要的功能。分析非編碼區(qū)DNA序列需要大膽的想象和嶄新的研究思路和方法。DNA序列作為一種遺傳語言，不僅體現(xiàn)在編碼序列之中，而且隱含在非編碼序列之中。
三、生物信息學(xué)的新技術(shù)
（一）Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)
描述了一種利用DNA探針陣列進(jìn)行基因組研究的方法，其原理是通過更有效有作圖、表達(dá)檢測和多態(tài)性篩選方法，可以實(shí)現(xiàn)對(duì)人類基因組的測序。光介導(dǎo)的化學(xué)合成法被應(yīng)用于制造小型化的高密度寡核苷酸探針的陣列，這種通過軟件包件設(shè)計(jì)的寡核苷酸探針陣列可用于多態(tài)性篩查、基因分型和表達(dá)檢測。然后這些陣列就可以直接用于并行DNA雜交分析，以獲得序列、表達(dá)和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介紹了一種新的基于專用定量表達(dá)分析方法的基因表達(dá)檢測系統(tǒng)，以及一種發(fā)現(xiàn)基因的系統(tǒng)GeneScape。為了有效地抽樣表達(dá)，特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的發(fā)生和冗余程度。他在酵母差異基因表達(dá)的大規(guī)模研究中對(duì)該技術(shù)的性能進(jìn)行了驗(yàn)證，并論述了技術(shù)在基因的表達(dá)、生物學(xué)功能以及疾病的基礎(chǔ)研究中的應(yīng)用。（二）基因的功能分析
Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)論述了人類基因組計(jì)劃的下一階段的任務(wù)基因組水平的基因功能分析。這一階段產(chǎn)生的數(shù)據(jù)的分析、管理和可視性將毫無疑問地比第一階段更為復(fù)雜。他介紹了一種用于脊椎動(dòng)物造血系統(tǒng)紅系發(fā)生的功能分析的原型系統(tǒng)E-poDB，它包括了用于集成數(shù)據(jù)資源的Kleisli系統(tǒng)和建立internet或intranet上視覺化工具的bioWidget圖形用戶界面。EpoDB有可能指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)人員發(fā)現(xiàn)不可能用傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法得到的紅系發(fā)育的新的藥物靶，制藥業(yè)所感興趣的是全新的藥物靶，EpoDB提供了這樣一個(gè)機(jī)會(huì)，這可能是它最令人激動(dòng)的地方。
Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)討論了通過數(shù)據(jù)庫搜索來識(shí)別遠(yuǎn)緣蛋白質(zhì)的方法。對(duì)蛋白質(zhì)超家族的結(jié)構(gòu)和功能的相互依賴性的理解，要求了解自然所塑造的一個(gè)特定結(jié)構(gòu)模板的隱含限制。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的最有趣的關(guān)系經(jīng)常在分歧的序列中得以表現(xiàn)，因而區(qū)分得分低（low-scoring）但生物學(xué)關(guān)系顯著的序列與得分高而生物學(xué)關(guān)系較不顯著的序列是重要的。Babbit證明了通過使用BLAST檢索，可以在數(shù)據(jù)庫搜索所得的低得分區(qū)識(shí)別遠(yuǎn)緣關(guān)系（distantrelationship）。Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)討論了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和一種僅從序列數(shù)據(jù)對(duì)功能自動(dòng)模建的方法?；蚬δ苋Q于基因編碼的蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)，但數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)序列的數(shù)目每18個(gè)月翻一番。為了確定這些序列的功能，結(jié)構(gòu)必須確定。同源模建和從頭折疊（abinitiofolding）方法是兩種現(xiàn)有的互為補(bǔ)充的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法；同源模建是通過片段匹配（segmentmatching）來完成的，計(jì)算機(jī)程棄SegMod就是基于同源模建方法的。
（三）新的數(shù)據(jù)工具
Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介紹了GDB數(shù)據(jù)庫，它由每條人類染色體的許多不同圖譜組成，包括細(xì)胞遺傳學(xué)、遺傳學(xué)、放射雜交和序列標(biāo)簽位點(diǎn)（STS）的內(nèi)容，以及由不同研究者用同種方法得到的圖譜。就位置查詢而言，如果不論其類型（type）和來源（source），或者是否它們正好包含用以批定感興趣的區(qū)域的標(biāo)志（markers），能夠搜索所有圖譜是有用的。為此目的，該數(shù)據(jù)庫使用了一種公用坐標(biāo)系統(tǒng)（commoncoordinatesystem）來排列這些圖譜。數(shù)據(jù)庫還提供了一張高分辨率的和與其他圖譜共享許多標(biāo)志的圖譜作為標(biāo)準(zhǔn)。共享標(biāo)志的標(biāo)之間的對(duì)應(yīng)性容許同等于所有其它圖譜的標(biāo)準(zhǔn)圖譜的分配。
Candlin(PEappliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)介紹了一種新的存儲(chǔ)直接來自ABⅠPrismdNA測序儀的數(shù)據(jù)的關(guān)系數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)BioLIMS。該系統(tǒng)可以與其它測序儀的數(shù)據(jù)集成，并可方便地與其它軟件包自動(dòng)調(diào)用，為測序儀與序列數(shù)據(jù)的集成提供了一種開放的、可擴(kuò)展的生物信息學(xué)平臺(tái)。
參考文獻(xiàn)：
藥學(xué)信息學(xué)計(jì)算機(jī)綜合實(shí)驗(yàn)課程體系建設(shè)
(1)重視實(shí)用性課程實(shí)驗(yàn)的開設(shè)是藥學(xué)信息學(xué)課程體系創(chuàng)新與實(shí)踐的重要特點(diǎn)。藥學(xué)信息學(xué)專業(yè)計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)課程實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的目標(biāo)是使學(xué)生能夠達(dá)到在藥學(xué)研究領(lǐng)域掌握計(jì)算機(jī)應(yīng)用的專業(yè)背景知識(shí)及能力。藥學(xué)信息應(yīng)用型人才培養(yǎng)體系的藥學(xué)信息學(xué)課程體系的實(shí)驗(yàn)內(nèi)容包括“計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)”、“程序設(shè)計(jì)技術(shù)與應(yīng)用”以及高級(jí)課程“計(jì)算機(jī)在藥學(xué)中的應(yīng)用”等三個(gè)方面的具體實(shí)施項(xiàng)目。(2)根據(jù)藥學(xué)專業(yè)對(duì)計(jì)算機(jī)人才的需求及應(yīng)用，結(jié)合計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)教學(xué)的具體內(nèi)容及多年的教學(xué)實(shí)踐，將藥學(xué)信息學(xué)課程體系試驗(yàn)設(shè)計(jì)分為三組典型實(shí)驗(yàn)：①計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)操作典型實(shí)驗(yàn)；②計(jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)典型實(shí)驗(yàn)；③計(jì)算機(jī)綜合應(yīng)用典型實(shí)驗(yàn)。三組實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)與實(shí)施具有層次鮮明、條理清晰、結(jié)構(gòu)完善、循序漸進(jìn)等特點(diǎn)。
構(gòu)建課程網(wǎng)絡(luò)教學(xué)平臺(tái)建設(shè)
(1)建立了以多元化、交互式學(xué)習(xí)環(huán)境為主要特色的多功能網(wǎng)站，建立完善的多媒體教學(xué)資源庫，該教學(xué)資源庫是面向全校學(xué)生，集學(xué)生自學(xué)、師生交流、網(wǎng)絡(luò)答疑等多功能于一體綜合網(wǎng)絡(luò)教學(xué)平臺(tái)。(2)該教學(xué)資源庫中包括教師課件、課外閱讀資料、相關(guān)資料圖片，以及教學(xué)過程中使用到的軟件、教學(xué)錄像等，并且通過網(wǎng)站平臺(tái)免費(fèi)提供藥學(xué)信息學(xué)體系的教學(xué)大綱、教材、教學(xué)方案、教學(xué)課件、實(shí)驗(yàn)課程設(shè)計(jì)、教學(xué)資源素材，全面公開并共享教學(xué)資源，突破時(shí)間和地點(diǎn)的限制，為學(xué)生自主學(xué)習(xí)提供幫助，教學(xué)方式由目前的多媒體教學(xué)逐步轉(zhuǎn)變?yōu)榫W(wǎng)絡(luò)化教學(xué)。(3)在“構(gòu)建藥學(xué)信息學(xué)課程體系創(chuàng)新與實(shí)踐”過程中，制作了系列課程相應(yīng)的PowerPoint演示文檔，并建立的多個(gè)相應(yīng)的實(shí)例數(shù)據(jù)及應(yīng)用軟件用法介紹視頻，并提供大量相關(guān)多媒體參考、學(xué)習(xí)資料，方便藥學(xué)信息學(xué)專業(yè)的學(xué)生快速查找和深入學(xué)習(xí)各章節(jié)的內(nèi)容，同時(shí)也提供了部分可執(zhí)行的藥學(xué)信息學(xué)應(yīng)用程序，有助于加深學(xué)生對(duì)書本知識(shí)的理解，而且也為藥學(xué)信息學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理及模擬提供了有利幫助。(4)建立并豐富了藥學(xué)信息學(xué)系列課程的測試大型試題庫，并開發(fā)設(shè)計(jì)了聯(lián)網(wǎng)在線機(jī)考測評(píng)軟件，面向全校學(xué)生，實(shí)現(xiàn)了無紙化考試。通過以下綜合實(shí)驗(yàn)操作技能的綜合測評(píng)，如藥學(xué)常用軟件工具練習(xí)及開發(fā)環(huán)境構(gòu)建、基于Excel和VisualBasic的藥學(xué)試驗(yàn)設(shè)計(jì)、基于Matlab和VisualBasic的LD50計(jì)算、基于Excel和Matlab的藥學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析等實(shí)驗(yàn)檢測項(xiàng)目，健全了以檢驗(yàn)實(shí)際操作能力為核心的考試測評(píng)機(jī)制、以考促學(xué)的積極作用，豐富完善了藥學(xué)信息學(xué)課程體系建設(shè)的重要環(huán)節(jié)。
一、正在出現(xiàn)的技術(shù)
Klingler(Lncytepharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)強(qiáng)調(diào)基因組學(xué)正推動(dòng)制藥業(yè)進(jìn)入信息時(shí)代。隨著不斷增加的序列、表達(dá)和作圖數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，描述和開發(fā)這些數(shù)據(jù)的信息工具變得對(duì)實(shí)現(xiàn)基因組研究的任務(wù)至關(guān)重要。他談到了Incytepharmaceuticals對(duì)大規(guī)模基因組數(shù)據(jù)和生物信息學(xué)的貢獻(xiàn)。
Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)描述了一種利用DNA探針陣列進(jìn)行基因組研究的方法，其原理是通過更有效有作圖、表達(dá)檢測和多態(tài)性篩選方法，可以實(shí)現(xiàn)對(duì)人類基因組的測序。光介導(dǎo)的化學(xué)合成法被應(yīng)用于制造小型化的高密度寡核苷酸探針的陣列，這種通過軟件包件設(shè)計(jì)的寡核苷酸探針陣列可用于多態(tài)性篩查、基因分型和表達(dá)檢測。然后這些陣列就可以直接用于并行DNA雜交分析，以獲得序列、表達(dá)和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介紹了一種新的基于專用定量表達(dá)分析方法的基因表達(dá)檢測系統(tǒng)，以及一種發(fā)現(xiàn)基因的系統(tǒng)GeneScape。為了有效地抽樣表達(dá)，特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的發(fā)生和冗余程度。他在酵母差異基因表達(dá)的大規(guī)模研究中對(duì)該技術(shù)的性能進(jìn)行了驗(yàn)證，并論述了技術(shù)在基因的表達(dá)、生物學(xué)功能以及疾病的基礎(chǔ)研究中的應(yīng)用。
二、基因的功能分析
Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)論述了人類基因組計(jì)劃的下一階段的任務(wù)——基因組水平的基因功能分析。這一階段產(chǎn)生的數(shù)據(jù)的分析、管理和可視性將毫無疑問地比第一階段更為復(fù)雜。他介紹了一種用于脊椎動(dòng)物造血系統(tǒng)紅系發(fā)生的功能分析的原型系統(tǒng)E-poDB，它包括了用于集成數(shù)據(jù)資源的Kleisli系統(tǒng)和建立internet或intranet上視覺化工具的bioWidget圖形用戶界面。EpoDB有可能指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)人員發(fā)現(xiàn)不可能用傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法得到的紅系發(fā)育的新的藥物靶，制藥業(yè)所感興趣的是全新的藥物靶，EpoDB提供了這樣一個(gè)機(jī)會(huì)，這可能是它最令人激動(dòng)的地方。
Sali(Rockefelleruniversity,NewYork,NY,USA)討論了同源蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模建。比較蛋白質(zhì)模建（comparativeproteinmodeling）也稱為同源模建（homologymodeling），即利用實(shí)驗(yàn)確定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)為模式（模型）來預(yù)測另一種具有相似氨基酸序列的蛋白質(zhì)（靶）的構(gòu)象。此方法現(xiàn)在已經(jīng)具有了足夠的精確性，并且被認(rèn)為效果良好，因?yàn)榈鞍踪|(zhì)序列的一個(gè)微小變化通常僅僅導(dǎo)致其三維結(jié)構(gòu)的細(xì)微改變。
Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)討論了通過數(shù)據(jù)庫搜索來識(shí)別遠(yuǎn)緣蛋白質(zhì)的方法。對(duì)蛋白質(zhì)超家族的結(jié)構(gòu)和功能的相互依賴性的理解，要求了解自然所塑造的一個(gè)特定結(jié)構(gòu)模板的隱含限制。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的最有趣的關(guān)系經(jīng)常在分歧的序列中得以表現(xiàn)，因而區(qū)分得分低（low-scoring）但生物學(xué)關(guān)系顯著的序列與得分高而生物學(xué)關(guān)系較不顯著的序列是重要的。Babbit證明了通過使用BLAST檢索，可以在數(shù)據(jù)庫搜索所得的低得分區(qū)識(shí)別遠(yuǎn)緣關(guān)系（distantrelationship）。Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)討論了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和一種僅從序列數(shù)據(jù)對(duì)功能自動(dòng)模建的方法?；蚬δ苋Q于基因編碼的蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)，但數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)序列的數(shù)目每18個(gè)月翻一番。為了確定這些序列的功能，結(jié)構(gòu)必須確定。同源模建和從頭折疊（abinitiofolding）方法是兩種現(xiàn)有的互為補(bǔ)充的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法；同源模建是通過片段匹配（segmentmatching）來完成的，計(jì)算機(jī)程棄SegMod就是基于同源模建方法的。
三、新的數(shù)據(jù)工具
Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介紹了GDB數(shù)據(jù)庫，它由每條人類染色體的許多不同圖譜組成，包括細(xì)胞遺傳學(xué)、遺傳學(xué)、放射雜交和序列標(biāo)簽位點(diǎn)（STS）的內(nèi)容，以及由不同研究者用同種方法得到的圖譜。就位置查詢而言，如果不論其類型（type）和來源（source），或者是否它們正好包含用以批定感興趣的區(qū)域的標(biāo)志（markers），能夠搜索所有圖譜是有用的。為此目的，該數(shù)據(jù)庫使用了一種公用坐標(biāo)系統(tǒng)（commoncoordinatesystem）來排列這些圖譜。數(shù)據(jù)庫還提供了一張高分辨率的和與其他圖譜共享許多標(biāo)志的圖譜作為標(biāo)準(zhǔn)。共享標(biāo)志的標(biāo)之間的對(duì)應(yīng)性容許同等于所有其它圖譜的標(biāo)準(zhǔn)圖譜的分配。
Markowitz(LawrenceberkeleyLaboratory,Berkeley,CA,USA)討論了分布式數(shù)據(jù)庫與局部管理的關(guān)系，以及用基于工具的方法開發(fā)分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫（MDBs）的問題。許多方案當(dāng)前正在促進(jìn)搜索多種不同來源MDBs的數(shù)據(jù)，包括建立數(shù)據(jù)倉庫；這要求對(duì)各種MDBs的組合有一種全局觀，并從成員MDBs中裝填數(shù)據(jù)入中心數(shù)據(jù)庫。這些方案的主要問題是開發(fā)整體視圖（globalviews），構(gòu)建巨大的數(shù)據(jù)倉庫并使集成的數(shù)據(jù)庫與不斷發(fā)展中的成員MDBs同步化的復(fù)雜性。Markowitz還討論了對(duì)象協(xié)議模型（objectprotocolmodel,OPM），并介紹了支持以下用途的工具：建立用于文本文件或者關(guān)系MDBs的OPM視圖；將MDBs作成一個(gè)數(shù)據(jù)庫目錄，提供MDB名稱、定位、主題、獲取信息和MDB間鏈接等信息；說明、處理和解釋多數(shù)據(jù)庫查詢。Karp(SRIinternational,MenloPark,CA,USA)解釋了Ocelot,一種能滿足管理生物學(xué)信息需求的面向?qū)ο笾R(shí)陳述系統(tǒng)（一種面向?qū)ο笙到y(tǒng)的人工智能版）。Ocelot支持略圖展開（schemaevolution）并采用一種新的最優(yōu)化并行控制機(jī)制（同時(shí)進(jìn)行多項(xiàng)訪問數(shù)據(jù)的過程），其略圖驅(qū)動(dòng)圖形編輯器提供了交互式瀏覽和編輯功能，其注釋系統(tǒng)支持?jǐn)?shù)據(jù)庫開發(fā)者之間的結(jié)構(gòu)通訊。
Riley(MarinebiologicalLaboratory,WoodsHole,MA,USA)在討論大腸桿菌蛋白質(zhì)的功能同時(shí)，特別提到了GPEC數(shù)據(jù)庫，它包括了由實(shí)驗(yàn)確定的所有E.coli基因的功能的信息。該數(shù)據(jù)庫中最大比例的蛋白質(zhì)是酶，其次則為轉(zhuǎn)運(yùn)和調(diào)控蛋白。
Candlin(PEappliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)介紹了一種新的存儲(chǔ)直接來自ABⅠPrismdNA測序儀的數(shù)據(jù)的關(guān)系數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)BioLIMS。該系統(tǒng)可以與其它測序儀的數(shù)據(jù)集成，并可方便地與其它軟件包自動(dòng)調(diào)用，為測序儀與序列數(shù)據(jù)的集成提供了一種開放的、可擴(kuò)展的生物信息學(xué)平臺(tái)。
Glynais(NetGenics,Cleveland,OH,USA)認(rèn)為生物信息學(xué)中最關(guān)鍵的問題之一是軟件工具和數(shù)據(jù)庫缺乏靈活性。但是，軟件技術(shù)的發(fā)展已得到了其它領(lǐng)域如金融業(yè)和制造業(yè)的發(fā)展經(jīng)驗(yàn)的借鑒，可以使來自不同軟件商的運(yùn)行于各種硬件系統(tǒng)的軟件共同工作。這種系統(tǒng)的國際標(biāo)準(zhǔn)是CORBA，一種由250多個(gè)主要軟件和硬件公司共同合作開發(fā)的軟件體系。聯(lián)合使用CORBA和Java可以開發(fā)各種通過一個(gè)公用用戶界面訪問任何種類的數(shù)據(jù)或軟件工具的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用軟件，也包括生物信息學(xué)應(yīng)用軟件。Overton不同意Glynias的這種想法，他強(qiáng)調(diào)說CORBA僅對(duì)軟件集成有用，不兼容的數(shù)據(jù)庫軟件可能是計(jì)算生物學(xué)所面臨的最困難問題，一些制藥公司和數(shù)據(jù)庫倉庫最近資助了一項(xiàng)用OCRBA鏈接不同的數(shù)據(jù)庫的計(jì)劃[2,3]。
四、制藥先導(dǎo)的發(fā)現(xiàn)
Burgess(Sturcturalbioinformatics,SanDiego,CA,USA)討論了填補(bǔ)基因組學(xué)和藥物設(shè)計(jì)之間鴻溝的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的計(jì)算問題。在缺乏主要疾病基因或藥物靶的精確描述數(shù)據(jù)的情況下，藥物設(shè)計(jì)者們不得不采用大規(guī)模表達(dá)蛋白質(zhì)篩選方法；而結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)則采用一種更為實(shí)用有效的計(jì)算方法直接從序列數(shù)據(jù)中確定靶蛋白質(zhì)的活性位點(diǎn)的精細(xì)結(jié)構(gòu)特征，它利用一種集成專家系統(tǒng)從現(xiàn)實(shí)的或虛擬的化學(xué)文庫中進(jìn)行迅速的計(jì)算篩選，可以達(dá)到一個(gè)很大的規(guī)模。
Elliston(Genelogic,Columbia,MD,USA)討論了治療藥物開發(fā)中發(fā)現(xiàn)新的分子靶的過程，著重討論了基因發(fā)現(xiàn)方法。他認(rèn)為，隨著日益臨近的人類基因組測序的完成，幾乎全部基因的特征將在序列水平得到揭示。但是，對(duì)基因的認(rèn)識(shí)將有賴于更多的信息而不僅僅是序列，需要考慮的第一類信息是轉(zhuǎn)錄表達(dá)水平信息，而Genelogic公司的GeneExpress就是一個(gè)由mRNA表達(dá)譜、轉(zhuǎn)錄因子位點(diǎn)、新基因和表達(dá)序列標(biāo)簽組成的數(shù)據(jù)庫。
Liebman(Vysis,Downessgrove,IL,USA)介紹了Vysis公司開發(fā)的計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法，這些主法不僅用于管理序列數(shù)據(jù)，而且被用于以下用途：分析臨床數(shù)據(jù)庫和自然—突變數(shù)據(jù)庫；開發(fā)新的算法以建立功能同源性（區(qū)別于序列同源性）模擬生物學(xué)通路以進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估；藥物設(shè)計(jì)的靶評(píng)估；聯(lián)系復(fù)雜的通路特性以便識(shí)別副作用；開發(fā)疾病發(fā)展的定性模型并解釋臨床后果。
隨著發(fā)現(xiàn)的新基因的日益增多，這個(gè)問題顯得格外重要：基因的功能是什么？Escobedo(Chirontechnologies,Emeryville,CA,USA)提出了這個(gè)問題的一種方法：將分泌蛋白質(zhì)的基因的功能克隆與篩選這些克?。赡艿乃幬锇校┙Y(jié)合起來。在這種方法中，在微粒體cDNA文庫池中進(jìn)行體外翻譯避免了勞動(dòng)密集的克隆、表達(dá)和純化步聚，對(duì)文庫池中的翻譯產(chǎn)物在細(xì)胞水平進(jìn)行篩選，測試其在細(xì)胞增殖和分化中的作用。例如，在用這種方法識(shí)別的111個(gè)克隆中，56個(gè)屬于已知的分泌蛋白質(zhì)，25個(gè)為膜相關(guān)蛋白，另外30個(gè)功能未知，可能是新的蛋白質(zhì)。一種相似的方法在轉(zhuǎn)移到小鼠模型系統(tǒng)中的基因傳導(dǎo)載體中構(gòu)建分泌蛋白質(zhì)的cDNA文庫來克隆特定的功能基因。
Ffuchs(Glaxowellcome,ResearchTrianglePark,NC,USA)討論了生物信息學(xué)更為廣義的影響：它不僅影響到新藥物靶基的發(fā)現(xiàn)，還對(duì)改善藥物開發(fā)的臨床前期和臨床期的現(xiàn)狀極具重要性。眾所周知，涉汲數(shù)以千計(jì)病人的臨床試驗(yàn)（可能是藥物開發(fā)最為花錢的部分）的設(shè)計(jì)不論多么仔細(xì)，也不能為正確的藥物選擇正確的病人。而在基因組水平劃分病人群體的方法可以大大改善發(fā)現(xiàn)新藥的效率。Fuchs介紹了一種將病人的基因型和表型標(biāo)志結(jié)合起來以改善臨床前期和臨床期藥物開發(fā)過程的系統(tǒng)GeneticinformationSystem.他強(qiáng)調(diào)將遺傳學(xué)和生物信息學(xué)數(shù)據(jù)同化學(xué)、生物化學(xué)、藥理學(xué)和醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)連接起來的集成信息管理和分析方法是極其重要的。
Green(HumanGenomeSciences,Rockville,MD,USA)介紹了他的測序工作中采用的數(shù)據(jù)管理工具?；贓ST的測序方法所面臨的挑戰(zhàn)是，在對(duì)幾百個(gè)cDNA克復(fù)測序之后，產(chǎn)生的數(shù)據(jù)堆積如山。由于大多數(shù)人類基因都是用這種方法發(fā)現(xiàn)并在么有數(shù)據(jù)庫中分類編排的，面臨的識(shí)別開放讀框、重疊序列的重疊圖譜、組織特異表達(dá)和低豐度mRNA基因的任務(wù)是令人生畏的。HumangenomeSciences公司開發(fā)了一些可用戶化數(shù)據(jù)庫工具，在同一個(gè)數(shù)據(jù)庫中可包括以下功能：WWW上訪問和檢索數(shù)據(jù)，序列拼接，臨視潛在藥物靶基因的研究進(jìn)展等。這些能夠管理多項(xiàng)任務(wù)——從注釋基因序列到成功開發(fā)基因產(chǎn)物進(jìn)入藥物發(fā)現(xiàn)的流程——的軟件工具，極其可望從一種基于基因組知識(shí)的藥物發(fā)現(xiàn)方法中得到新的藥物靶。
Summer-Smith(Base4bioinformatics,Mississauga,Ontario,Canada)描述了一種相關(guān)的策略。藥物發(fā)現(xiàn)階段中所要求的軟件工具的任務(wù)是多樣化的，要能注釋基因，并闡明它的生理和病理功能及其商業(yè)潛質(zhì)。對(duì)這樣多種來源的信息的集成與分析，在派生的、項(xiàng)目取向的數(shù)據(jù)庫（project-specificdatabase,PSD）中可以很好完成。由于項(xiàng)目貫穿于發(fā)現(xiàn)到開發(fā)全過程，其間又不斷加入背景的成員，PSD在項(xiàng)目的管理與發(fā)展中成為一種關(guān)鍵性的資源。
按照Smith(Bostonuniversity,Boston,MA,USA)的觀點(diǎn)[2]，我們并不需要更快捷的計(jì)算機(jī)或更多的計(jì)算機(jī)科學(xué)家，而是需要更的生物學(xué)家和生物化學(xué)家來解釋序列的功能。這對(duì)有些軟件或硬件專家來說是個(gè)打擊，但生物學(xué)系統(tǒng)的復(fù)雜性是令人生畏的，并且對(duì)基因功能的認(rèn)識(shí)可能需要生物學(xué)方法和計(jì)算方法的結(jié)合。探索基因的功能很可能要花費(fèi)生物學(xué)家們數(shù)十年的時(shí)間，本次會(huì)議表明沒有任何單一的方法可以得出一個(gè)答案；但是，將計(jì)算生物學(xué)同大規(guī)模篩先結(jié)合起來識(shí)別一種化學(xué)靶物（hit）是一種產(chǎn)生化學(xué)工具來探索基因功能的方法，這些化學(xué)工具接下來就可以用作理解基因功能的“探針”。這種方法在Butt(GeneTranscriptionTechnologies,Philadelphia,PA,USA)的描述中，既是一種檢查基因功能的簡單方法，也是為潛在的藥物靶發(fā)現(xiàn)化學(xué)先導(dǎo)物的簡單方法，他描述了一種可以在酵母中重建人類基因功能的酵母大規(guī)模篩選系統(tǒng)。在此系統(tǒng)中，可以迅捷地在一個(gè)化學(xué)文庫中發(fā)現(xiàn)配基。這種技術(shù)的重要特征是它不僅僅是發(fā)現(xiàn)一種藥物靶的配基的篩板（screen），相反，由于該系統(tǒng)的高速度，它也是發(fā)現(xiàn)先導(dǎo)靶基因的一種篩板。過去，世界上的制藥公司通常在某一時(shí)間內(nèi)僅能對(duì)有限數(shù)目（約20多個(gè)）的藥物靶基因進(jìn)行工作，鑒于此，我們需要根本不同的方法如基因組學(xué)來打開通向“新”生物學(xué)的通路。由于機(jī)器人和合成化學(xué)的進(jìn)步，藥物發(fā)現(xiàn)中最關(guān)鍵的問題不再是得到一種先導(dǎo)化合物（leadcompound），而是得到導(dǎo)向靶基因。此次會(huì)議為從計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法中發(fā)展出的新生物學(xué)邁出很好的一步。
參考文獻(xiàn)
1LimHA,BatttR.TIBTECH,1998;16(3)):104
1．1醫(yī)學(xué)信息學(xué)教學(xué)與醫(yī)學(xué)實(shí)踐需求脫節(jié)
醫(yī)學(xué)信息學(xué)的教學(xué)體系應(yīng)該從醫(yī)學(xué)信息的上、中、下“三游”來加以組織。醫(yī)學(xué)信息學(xué)上游主要是指傳授醫(yī)學(xué)信息的本質(zhì)、特征、類型、產(chǎn)生機(jī)制與機(jī)構(gòu)、傳播等知識(shí)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)中游主要是指傳授醫(yī)學(xué)信息的搜集、整理、鑒定、組織與分析，以及醫(yī)療信息化背景下的醫(yī)學(xué)信息的描述與信息庫、衛(wèi)生信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)信息的儲(chǔ)存、檢索和深加工等知識(shí)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)下游主要是指傳授醫(yī)學(xué)信息資源開發(fā)、利用與服務(wù)及其文化傳承等知識(shí)。筆者認(rèn)為醫(yī)學(xué)信息學(xué)是一門應(yīng)用型較強(qiáng)的課程，對(duì)于醫(yī)學(xué)專業(yè)的學(xué)生需要根據(jù)未來所從事的職業(yè)性質(zhì)研修相應(yīng)的“三游”知識(shí)。如臨床專業(yè)的學(xué)生需要研修病案管理學(xué)、病案信息資源管理學(xué)、醫(yī)院信息系統(tǒng)、電子病歷等課程。但是就筆者所在的南京醫(yī)科大學(xué)進(jìn)行調(diào)研發(fā)現(xiàn)，在醫(yī)學(xué)學(xué)生的教學(xué)計(jì)劃中，只有衛(wèi)生信息管理與信息系統(tǒng)專業(yè)與醫(yī)療保險(xiǎn)專業(yè)開設(shè)了醫(yī)學(xué)信息學(xué)的相關(guān)課程，而作為未來醫(yī)學(xué)信息的產(chǎn)生者——醫(yī)生，臨床專業(yè)的醫(yī)學(xué)生教學(xué)計(jì)劃中沒有醫(yī)學(xué)信息學(xué)的相關(guān)課程。這種醫(yī)學(xué)信息學(xué)教學(xué)與醫(yī)學(xué)實(shí)踐需求之間的脫節(jié)，直接導(dǎo)致臨床專業(yè)的醫(yī)學(xué)生在大學(xué)期間沒有培養(yǎng)良好的醫(yī)學(xué)信息學(xué)素養(yǎng)，進(jìn)而導(dǎo)致這些醫(yī)學(xué)生在未來成為醫(yī)生之后對(duì)醫(yī)學(xué)信息不重視，甚至為醫(yī)學(xué)信息產(chǎn)生、收集、整理而煩惱。
1．2醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科發(fā)展不深入
長春工業(yè)大學(xué)繼續(xù)教育學(xué)院對(duì)開設(shè)醫(yī)學(xué)信息學(xué)專業(yè)(或方向)的高校進(jìn)行了排名，其順序是復(fù)旦大學(xué)、中山大學(xué)、中南大學(xué)、中國醫(yī)科大學(xué)、首都醫(yī)科大學(xué)、四川大學(xué)、北京大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)、山西醫(yī)科大學(xué)、浙江大學(xué)、華中科技大學(xué)、西安交通大學(xué)、石河子大學(xué)、吉林大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、哈爾濱醫(yī)科大學(xué)、山東大學(xué)、杭州師范大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、泰山醫(yī)學(xué)院、河北醫(yī)科大學(xué)、南昌大學(xué)、天津中醫(yī)藥大學(xué)、福建醫(yī)科大學(xué)、武漢大學(xué)、上海交通大學(xué)、青島大學(xué)、天津醫(yī)科大學(xué)、延邊大學(xué)、浙江中醫(yī)藥大學(xué)、新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院、南華大學(xué)和大連醫(yī)科大學(xué)等33所高校。筆者在南京醫(yī)科大學(xué)圖書館網(wǎng)站利用“題名=醫(yī)學(xué)信息或衛(wèi)生信息，文獻(xiàn)類型選擇‘中文書籍’進(jìn)行檢索，返回結(jié)果為51本與醫(yī)學(xué)信息相關(guān)，14本與衛(wèi)生信息相關(guān)的文獻(xiàn)。在51本與醫(yī)學(xué)信息相關(guān)的檢索結(jié)果中涉及醫(yī)學(xué)信息檢索的文獻(xiàn)為31本，涉及到醫(yī)學(xué)信息學(xué)基礎(chǔ)教程的結(jié)果為8本。其余主要包括醫(yī)學(xué)信息研究、醫(yī)學(xué)信息資源組織與管理、醫(yī)學(xué)信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)信息學(xué)決策與支持系統(tǒng)和醫(yī)學(xué)信息分析等。綜觀這些檢索結(jié)果基本上是針對(duì)不同對(duì)象的大學(xué)課程教科書。在14本與衛(wèi)生信息相關(guān)的檢索結(jié)果中涉及衛(wèi)生信息管理的結(jié)果為8本，涉及衛(wèi)生信息系統(tǒng)的結(jié)果為2本，涉及衛(wèi)生信息化的有2本，涉及衛(wèi)生信息技術(shù)與衛(wèi)生信息資源的各1本。從檢索結(jié)果可以得出在醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科發(fā)展過程中存在創(chuàng)作重復(fù)現(xiàn)象。如在檢索結(jié)果中涉及到的知識(shí)點(diǎn)雷同多，書本編排應(yīng)急就章，重復(fù)建設(shè)，后出版之書不僅沒有超過前者，有的反而出現(xiàn)倒退現(xiàn)象。除劉冰、黃玉玲主編的《醫(yī)學(xué)信息研究》之外，主要用于醫(yī)學(xué)信息學(xué)專業(yè)教學(xué)教材。在這些教材中除了丁寶芬教授的《醫(yī)學(xué)信息學(xué)》、羅愛靜教授的《衛(wèi)生信息管理概論》和《衛(wèi)生信息管理學(xué)》作為普通高等教育國家級(jí)教材規(guī)劃教材之外，其余教材鮮有得到國際或國內(nèi)同行普遍認(rèn)同。有些著作雖然注重吸收?qǐng)D書情報(bào)與檔案管理學(xué)的學(xué)科知識(shí)，但是沒有能夠與醫(yī)學(xué)信息學(xué)有效融合，移植現(xiàn)象比較明顯。當(dāng)然筆者在此無意于簡單否定醫(yī)學(xué)信息學(xué)界與出版界同行的工作，但我國33所醫(yī)學(xué)信息學(xué)相關(guān)專業(yè)的高等院校應(yīng)該反思，應(yīng)考慮利用范式理論指引學(xué)科發(fā)展，加強(qiáng)知識(shí)橫向與縱向的傳承與發(fā)展，引進(jìn)圖書情報(bào)與檔案管理學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)和管理學(xué)等理論，彌補(bǔ)國內(nèi)醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科的空白和不足，提升學(xué)科地位。
2醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究是解困之舉
隨著全球化進(jìn)程的加劇，醫(yī)學(xué)信息學(xué)也將與其他學(xué)科更加相融，醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展必將走向開放與合作，醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科發(fā)展問題將會(huì)成為一個(gè)國際性課題。因此我國醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體利用范式理論作為研究手段，從國外學(xué)科研究成果和研究方法中汲取有益成分，使之為解決國內(nèi)醫(yī)學(xué)信息學(xué)的學(xué)科發(fā)展之瓶頸成為應(yīng)然解困之舉。
2．1范式研究有助于醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科的深化與拓展
醫(yī)學(xué)信息學(xué)要想從宏觀上和根本上提升學(xué)科地位，需要在元科學(xué)領(lǐng)域的研究上投入更多精力。元科學(xué)理論，即關(guān)于科學(xué)的科學(xué)，醫(yī)學(xué)信息學(xué)元科學(xué)即是指關(guān)于醫(yī)學(xué)信息學(xué)的科學(xué)。當(dāng)醫(yī)學(xué)信息學(xué)發(fā)展到一定階段的時(shí)候，醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體會(huì)對(duì)學(xué)科的本質(zhì)、規(guī)律及其相關(guān)元問題進(jìn)行分析與探究，便產(chǎn)生了“學(xué)中之學(xué)”、“科學(xué)之科學(xué)”的研究取向，筆者認(rèn)為可以將這類的醫(yī)學(xué)信息學(xué)分支學(xué)科稱之為“醫(yī)學(xué)信息學(xué)元科學(xué)”。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體會(huì)遵循學(xué)科發(fā)展史的軌跡，即經(jīng)驗(yàn)研究、方法論研究和理論研究，具體發(fā)展走向?yàn)椴“腹芾?、醫(yī)學(xué)信息檢索、衛(wèi)生信息管理學(xué)、衛(wèi)生信息化、衛(wèi)生法律法規(guī)、醫(yī)學(xué)信息保護(hù)技術(shù)學(xué)、醫(yī)院信息系統(tǒng)、衛(wèi)生信息系統(tǒng)、電子病歷、區(qū)域醫(yī)療合作和醫(yī)學(xué)信息學(xué)史等。在此基礎(chǔ)之上，醫(yī)學(xué)信息學(xué)科分支中會(huì)產(chǎn)生醫(yī)學(xué)信息學(xué)概論(衛(wèi)生信息管理概論)——以“揭示醫(yī)學(xué)信息學(xué)現(xiàn)象本質(zhì)和規(guī)律為研究目的”的學(xué)科。醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究就是關(guān)于醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科自身的深化與拓展，醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體立足于宏觀抽象層面，從根本上認(rèn)識(shí)醫(yī)學(xué)信息學(xué)的元問題和本質(zhì)規(guī)律?，F(xiàn)階段我國的醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究已具備一定的規(guī)模和水平，其研究領(lǐng)域已經(jīng)從醫(yī)學(xué)知識(shí)表達(dá)、衛(wèi)生信息系統(tǒng)、生物信息學(xué)、醫(yī)學(xué)信息學(xué)教育與培訓(xùn)l等傳統(tǒng)領(lǐng)域向面向語義互操作的知識(shí)體系構(gòu)建、跨系統(tǒng)和跨應(yīng)用的互操作標(biāo)準(zhǔn)制定、網(wǎng)格與云環(huán)境下的應(yīng)用、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、人體模型建設(shè)、臨床決策和認(rèn)知學(xué)領(lǐng)域深入發(fā)展。盡管醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展已經(jīng)進(jìn)入了一個(gè)全新的發(fā)展領(lǐng)域，具有較快的發(fā)展速度，但是對(duì)元問題層面的挖掘探討仍對(duì)學(xué)科的發(fā)展是至關(guān)重要的。以醫(yī)學(xué)信息學(xué)元科學(xué)代表“醫(yī)學(xué)信息學(xué)概論”或“衛(wèi)生信息管理概論”為例，現(xiàn)有的文獻(xiàn)僅有一本，即衛(wèi)生部“十一五”規(guī)劃教材——《衛(wèi)生信息管理概論》。筆者認(rèn)為作為醫(yī)學(xué)信息學(xué)元科學(xué)的《衛(wèi)生信息管理概論》應(yīng)當(dāng)注重對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)生存環(huán)境、發(fā)展史和共同體的研究，應(yīng)從醫(yī)學(xué)信息學(xué)本身的問題出發(fā)建立起本學(xué)科研究問題的獨(dú)特視角，而不宜將大量的篇幅放在對(duì)“對(duì)象性事物”的描述和闡述上?；谠茖W(xué)的重要性，醫(yī)學(xué)信息學(xué)理應(yīng)將更多的空間設(shè)定在元科學(xué)領(lǐng)域的研究上，才能從根本上提升該學(xué)科地位。醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究理應(yīng)針對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)自身的探討和分析，立足于宏觀抽象層面認(rèn)識(shí)醫(yī)學(xué)信息學(xué)基本問題和本質(zhì)規(guī)律的研究。鑒于此，筆者認(rèn)為醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究與醫(yī)學(xué)信息學(xué)發(fā)展的要求是一致的，它是醫(yī)學(xué)信息元科學(xué)研究的最佳切入點(diǎn)，它是以醫(yī)學(xué)信息學(xué)發(fā)展史為研究主線，不僅涉及到醫(yī)學(xué)信息學(xué)未來的發(fā)展方向，還需要研究醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科共同體主體作用、醫(yī)學(xué)信息范式變遷與學(xué)科外在環(huán)境因素之間的關(guān)系等。
2．2范式研究是醫(yī)學(xué)信息學(xué)汲取外學(xué)科精華的典型嘗試
較之于醫(yī)學(xué)信息學(xué)內(nèi)部各分支學(xué)科之間的互相融合，醫(yī)學(xué)信息學(xué)對(duì)其他學(xué)科理論和技術(shù)應(yīng)用的吸收、引進(jìn)、消化、滲透、移植等將不斷推進(jìn)醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展。即使醫(yī)學(xué)信息學(xué)在解謎過程中出現(xiàn)不可通約性，分歧未能達(dá)成一致意見，醫(yī)學(xué)信息學(xué)也會(huì)在反復(fù)的推敲和質(zhì)疑中逐漸成熟。因?yàn)樵谕鈱W(xué)科理論引入醫(yī)學(xué)信息學(xué)的磨合期中所產(chǎn)生的碰撞、摩擦和火花，可能為醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展提供爭論的焦點(diǎn)和學(xué)術(shù)的創(chuàng)新點(diǎn)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究正是基于這一思考與目的。美國社會(huì)學(xué)家米爾斯在《社會(huì)學(xué)的想像力》中論及：“將自己的領(lǐng)域當(dāng)作獨(dú)立的王國，而忽略它與其他領(lǐng)域，諸如經(jīng)濟(jì)、政治等方面的聯(lián)系，造成了歸納的一般性無法演變成演繹的精確性，演繹的精確性又無法上升到歸納的一般性。最終的結(jié)果就是，個(gè)人困擾沒有成為公共論題，甚至于漸行漸遠(yuǎn)。人文精神的組織力進(jìn)化成為科學(xué)精神的機(jī)械性，而概念和方法則成為了問題的主導(dǎo)因素，這不禁有本末倒置之嫌。加之于我們對(duì)社會(huì)本身是如何形成的一無所知，而只是無意識(shí)地接受了其存在的合法性，這更容易加深身處其中人的無力和無助感?！贬t(yī)學(xué)信息學(xué)范式從本質(zhì)上說就是社會(huì)學(xué)理論進(jìn)入醫(yī)學(xué)信息學(xué)領(lǐng)域的一大嘗試。醫(yī)學(xué)信息學(xué)由單一研究方向向多重研究方向發(fā)展，從病案管理學(xué)向病案學(xué)、醫(yī)學(xué)信息檢索、衛(wèi)生信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)決策支持系統(tǒng)、認(rèn)知學(xué)和醫(yī)學(xué)倫理與監(jiān)管等方向發(fā)展，醫(yī)學(xué)信息學(xué)專業(yè)呈現(xiàn)日益增多，學(xué)科日趨分化的趨勢。從醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展趨勢來看，符合人類的認(rèn)識(shí)發(fā)展規(guī)律。初期關(guān)于醫(yī)學(xué)信息學(xué)的知識(shí)是從病案管理實(shí)踐著手，對(duì)于學(xué)科還沒有一個(gè)完整、清晰的認(rèn)識(shí)，隨著研究活動(dòng)的深入、認(rèn)識(shí)的推進(jìn)，與學(xué)科內(nèi)外發(fā)展動(dòng)力因素的影響，對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)進(jìn)行逐塊逐層的分解研究，于是出現(xiàn)了整體知識(shí)的不斷吸收、引進(jìn)、消化、滲透、移植等，在學(xué)科組成上表現(xiàn)為學(xué)科不斷分化成病案學(xué)、醫(yī)學(xué)信息學(xué)、衛(wèi)生信息系統(tǒng)等分支學(xué)科(或?qū)I(yè))。醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展理應(yīng)汲取外學(xué)科的精華充實(shí)與強(qiáng)化本學(xué)科內(nèi)涵建設(shè)，來解決醫(yī)學(xué)信息學(xué)科建設(shè)中的熱點(diǎn)、難點(diǎn)與焦點(diǎn)問題。因此，為了醫(yī)學(xué)信息學(xué)的科學(xué)發(fā)展，我們需要的是深刻剖析與之存在學(xué)科依賴關(guān)系及其運(yùn)作原則，并結(jié)合其他學(xué)科的研究成果來探討此情境下的醫(yī)學(xué)信息學(xué)的學(xué)科發(fā)展問題，而不是脫離其中任何一方。我國的醫(yī)學(xué)信息學(xué)發(fā)端于2O世紀(jì)80年代初的醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)學(xué)，研究體系不夠完整和成熟，研究領(lǐng)域也不平衡，例如重視文獻(xiàn)信息管理、技術(shù)路線和微觀實(shí)踐，但是對(duì)于理論研究和學(xué)科RESEARCHONLIBRARYSCIENCE19建設(shè)研究不夠深入，標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范建設(shè)滯后，信息共享不足、缺乏系統(tǒng)規(guī)劃，人才數(shù)量不足、質(zhì)量有待提高、結(jié)構(gòu)不盡合理。新時(shí)期的醫(yī)學(xué)信息學(xué)又面臨學(xué)科外的政治環(huán)境、經(jīng)濟(jì)環(huán)境的影響，與計(jì)算機(jī)技術(shù)、網(wǎng)絡(luò)技術(shù)、社會(huì)學(xué)、倫理學(xué)、認(rèn)知學(xué)和人工智能技術(shù)的應(yīng)用與滲透，意味著醫(yī)學(xué)信息學(xué)已經(jīng)沿著范式理論的軌跡，發(fā)展成為一門綜合各學(xué)科精華的邊緣交叉學(xué)科。在醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究呈現(xiàn)多樣化趨勢的今天，借鑒社會(huì)學(xué)方法有助于分析醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展方向、分支學(xué)科，或許會(huì)讓我們發(fā)現(xiàn)原來的封閉視野所不能看到的演進(jìn)過程與規(guī)律；也有助于當(dāng)我們習(xí)慣于現(xiàn)有學(xué)科思維框架下的醫(yī)學(xué)信息學(xué)發(fā)展之余，換之以外學(xué)科的視角重新審視和考察醫(yī)學(xué)信息學(xué)的發(fā)展和演變，給學(xué)科的發(fā)展與建設(shè)輸入新的血液。
3醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科范式內(nèi)涵探微
“范式(Paradigm)”一詞是托馬斯•庫恩首先在《科學(xué)革命的結(jié)構(gòu)》一書中用于科學(xué)研究的，他在該書中指出：“范式通常是指那些公認(rèn)的科學(xué)成就，他們?cè)谝欢螘r(shí)間里為實(shí)踐共同體提供典型的問題和解答?？梢杂脕斫忉尶茖W(xué)歷史發(fā)展軌跡及其科學(xué)知識(shí)增長模式的社會(huì)學(xué)概念?！薄胺妒降闹饕憩F(xiàn)為‘符號(hào)概括’、‘信念’、‘價(jià)值’和‘范例’等?！痹诮庾x與理解庫恩關(guān)于范式的闡述的基礎(chǔ)上，筆者認(rèn)為，醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式是醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體在醫(yī)學(xué)信息生產(chǎn)和管理實(shí)踐活動(dòng)中所共有的世界觀、方法論、理論成果和共同遵守的行為準(zhǔn)則(即范例)等成分，是指醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體公認(rèn)的“模式”。共同體、世界觀、方法論、理論成果和范例等是醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式的重要組成成分，其雖不可能涵蓋醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式全部的“應(yīng)有之義”，但可以把這些當(dāng)作醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式的核心內(nèi)容。
3．1共同體
科學(xué)共同體簡稱為共同體，最早運(yùn)用可以追溯到1942年，英國物理學(xué)家、哲學(xué)家波朗尼(Polanyi)在其論文《科學(xué)的自治》中使用了這一概念。庫恩在《科學(xué)革命的結(jié)構(gòu)》中把“共同體”理解為科學(xué)范式的承載體——“一個(gè)科學(xué)共同體由共有一個(gè)范式的人組成”。學(xué)科共同體是以上一切成分元素的執(zhí)行者，也是經(jīng)常被忽略的研究主體?？茖W(xué)共同體研究在范式研究中的地位毋庸置疑，醫(yī)學(xué)信息學(xué)科共同體正因?yàn)橛辛斯餐姆妒讲拍芗性谙嗤难芯款I(lǐng)域內(nèi)，不受時(shí)間和空間的限制，進(jìn)行交流和互動(dòng)。因此在研究醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式時(shí)，首先要明確醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體的概念。傳統(tǒng)的醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科主要研究的是醫(yī)學(xué)信息學(xué)的對(duì)象、方法論、理論標(biāo)準(zhǔn)，而很少涉及醫(yī)學(xué)信息學(xué)的認(rèn)識(shí)主體——醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體可理解為發(fā)展醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式的主體，研究醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式主體，擁護(hù)同一醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式的主體。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體由授受相應(yīng)的醫(yī)學(xué)信息學(xué)教育背景和學(xué)科訓(xùn)I練的學(xué)者構(gòu)成，他們以發(fā)展醫(yī)學(xué)信息學(xué)為使命，具有共同的價(jià)值理念，遵循共同的學(xué)術(shù)規(guī)范和維護(hù)共同的學(xué)術(shù)尊嚴(yán)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)科共同體通常遵循醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科發(fā)展規(guī)律，致力于醫(yī)學(xué)信息學(xué)科學(xué)研究、教育教學(xué)、實(shí)踐，是醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科的主體。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體可以是相對(duì)穩(wěn)定的正式組織形式，也可以是自由組合的非正式組織形式。前者具有相對(duì)穩(wěn)定的組織機(jī)構(gòu)、成員、規(guī)范和活動(dòng)方式。如中國醫(yī)院管理學(xué)會(huì)下的病案管理委員會(huì)、醫(yī)學(xué)信息學(xué)會(huì)，全國33所開設(shè)醫(yī)學(xué)信息學(xué)相關(guān)專業(yè)(或方向)的院校教師組成的同事式組織、導(dǎo)師與學(xué)生組成的師徒式組織，以及其他醫(yī)學(xué)信息科研、實(shí)踐機(jī)構(gòu)組成的固定團(tuán)隊(duì)等。后者一般不具備嚴(yán)格意義上傳統(tǒng)固定的組織形式、規(guī)模和穩(wěn)定人員構(gòu)成等內(nèi)容。如因課題立項(xiàng)而臨時(shí)組建的課題組形式，各地組織的擁有固定主題的學(xué)術(shù)研討會(huì)、學(xué)術(shù)論壇、博士論壇，同一學(xué)科領(lǐng)域或分支學(xué)科的共同愛好者等。從醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體發(fā)揮的作用來看，非正式組織形式的學(xué)科共同體不僅是學(xué)科建設(shè)與發(fā)展的生力軍，也是正式組織形式醫(yī)學(xué)信息學(xué)科共同體的補(bǔ)充力量。當(dāng)他們的自身作用和地位日益得到社會(huì)及統(tǒng)治階層認(rèn)可時(shí)，自組織形式隨時(shí)有可能轉(zhuǎn)化為有組織形式。
3．2世界觀
世界觀，又稱為宇宙觀，是哲學(xué)的樸素形態(tài)。由于醫(yī)學(xué)共同體所處的社會(huì)地位、觀察問題的角度不同形成不同的醫(yī)學(xué)信息學(xué)世界觀，這種觀點(diǎn)是共同體自身醫(yī)學(xué)信息學(xué)工作、學(xué)習(xí)和生活實(shí)踐的結(jié)果，往往是自發(fā)形成的，需要醫(yī)學(xué)信息學(xué)的相關(guān)研究者對(duì)其進(jìn)行自覺地概括和總結(jié)并給予理論上的論證，才能成為指導(dǎo)學(xué)科發(fā)展的哲學(xué)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體的世界觀是形而上的部分，是共同體對(duì)整個(gè)醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科，以及共同體與醫(yī)學(xué)信息學(xué)之間的總的看法和根本觀點(diǎn)，簡而言之即醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體對(duì)于醫(yī)學(xué)信息學(xué)這一學(xué)科的總體認(rèn)識(shí)，對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)的共識(shí)，包括醫(yī)學(xué)信息學(xué)科共同體所共有的基本信念、價(jià)值取向、思維方式等，是本體論、認(rèn)識(shí)論層面的承諾，以及對(duì)自身在醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科中的地位和作用的看法。醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體的世界觀可作為指導(dǎo)思想，指導(dǎo)醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體開展醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究。醫(yī)學(xué)信息的世界觀往往決定著一個(gè)學(xué)科的自身定位和發(fā)展方向，表現(xiàn)在醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式研究中則是要解決“如何看待醫(yī)學(xué)信息學(xué)專業(yè)研究對(duì)象”的問題。當(dāng)認(rèn)為醫(yī)學(xué)信息體現(xiàn)為一種歷史記錄屬性時(shí)，要維護(hù)的是學(xué)科歷史有機(jī)聯(lián)系；當(dāng)認(rèn)為醫(yī)學(xué)信息體現(xiàn)為一種知識(shí)屬性時(shí)，要實(shí)現(xiàn)的是學(xué)科最大效益。
3．3方法論
醫(yī)學(xué)信息學(xué)方法論是醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體在醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)習(xí)、實(shí)踐和研究中所自覺沿襲的一般方法。醫(yī)學(xué)信息學(xué)方法論是以解決醫(yī)學(xué)信息學(xué)中的問題為目標(biāo)的一種體系或系統(tǒng)，通常涉及問題分析、任務(wù)工具和方法技巧等方面的論述。方法論體現(xiàn)在世界觀、自然觀、社會(huì)歷史觀、倫理觀、審美觀、科學(xué)觀之中，可以是由模式、方式、方法、手段等組成的經(jīng)驗(yàn)研究成果、案例和實(shí)用技術(shù)方法。醫(yī)學(xué)信息學(xué)方法論會(huì)對(duì)一系列具體的方法進(jìn)行分析研究、系統(tǒng)總結(jié)并最終提出較為一般性的原則。醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科的發(fā)展范式按照庫恩的科學(xué)范式為一般原則，即從前科學(xué)——常規(guī)科學(xué)——反常與危機(jī)——科學(xué)革命——新的常規(guī)科學(xué)為醫(yī)學(xué)信息學(xué)的學(xué)科發(fā)展線索，并利用歷史主義方法構(gòu)建醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式理論；在經(jīng)驗(yàn)層面，方法論是理論適用的方式，如在病案科整理病歷資料時(shí)，利用來源原則與事由原則進(jìn)行歸檔管理；在醫(yī)學(xué)信息學(xué)安全和實(shí)用技術(shù)中則是一些純事實(shí)性和操作性方法，如利用原型法指導(dǎo)醫(yī)院進(jìn)行信息系統(tǒng)開發(fā)建設(shè)。醫(yī)學(xué)信息學(xué)方法論是用以指導(dǎo)醫(yī)學(xué)信息學(xué)進(jìn)行學(xué)術(shù)研究和實(shí)踐活動(dòng)的路徑與綱領(lǐng)，解決的是“醫(yī)學(xué)信息學(xué)如何從事專業(yè)學(xué)術(shù)活動(dòng)”的問題。如研究方法中的歷史主義研究方法、實(shí)證主義方法、論證方法、比較方法和調(diào)查研究方法等。
3．4理論成果
醫(yī)學(xué)信息學(xué)理論成果是指對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)范式形成并起著決定作用的共有醫(yī)學(xué)信息學(xué)理論。理論需要尋求解釋，而范式則提供了尋找解釋的方法。醫(yī)學(xué)信息學(xué)理論在成為共有認(rèn)識(shí)之后可以上升到范式層面，達(dá)到范式層面的理論成果同一般的理論成果有聯(lián)系，也有區(qū)別。聯(lián)系在于，范式層面的理論來自于一般理論而又高于一般理論，它是醫(yī)學(xué)信息學(xué)共有的概論、命題及其推理。概念是思維的基本單位，是反映事物本質(zhì)屬性的思維形式。作為醫(yī)學(xué)信息學(xué)理論邏輯出發(fā)點(diǎn)的概念是基本概念。共有概念是對(duì)醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科共有基本元素的約定，而這些概念必須是以醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科的本源概念的面貌出現(xiàn)。如“病歷”、“醫(yī)囑”和“病案”。命題是表明判斷結(jié)果的陳述語句，有真假意義的語句才是命題。如病案的本質(zhì)屬性是原始醫(yī)療記錄性——這是對(duì)病案本質(zhì)屬性的肯定判斷，是一個(gè)可以做真假檢驗(yàn)的語句。共有命題是指醫(yī)學(xué)信息學(xué)學(xué)科理論中類似自然科學(xué)中定理、定律性質(zhì)的命題。推理是指一判斷借以另一判斷推出的思維功能。共有推理是由共有命題中引申而來的。如從病案的原始性可能推理出病案具有憑證性。雖然范式層面的理論已經(jīng)得到充分的論證，成為共同體內(nèi)部約定俗成的公理，但是醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體不會(huì)因?yàn)榫唧w理論的不完善而影響范式共有理論的存在，對(duì)于共有理論，也不會(huì)因?yàn)檠芯恐黧w的不同闡釋而影響其范式指導(dǎo)作用。雖然處于同一學(xué)科共同體的成員往往引用同樣的理論成果，得出類似的理論觀點(diǎn)，醫(yī)學(xué)信息學(xué)共同體能夠同意確認(rèn)一個(gè)范式，但不會(huì)同意對(duì)范式的完整詮釋或合理化。缺乏標(biāo)準(zhǔn)詮釋或不能得出一致同意的規(guī)則并不會(huì)阻止范式指導(dǎo)研究。
3．5范例
中醫(yī)藥學(xué)強(qiáng)調(diào)整體功能，用陰陽五行學(xué)說描述疾病性質(zhì)及人體病理;視邪正交爭、陰陽失調(diào)為主要的疾病觀;形神合一為主流的健康觀;診斷利用四診合參;貫穿治病求本、辨證論治、防重于治等理念。而西醫(yī)則強(qiáng)調(diào)局部微觀分析，內(nèi)容涉及解剖、生理、病理、衛(wèi)生、藥物等;主張重視實(shí)驗(yàn)、疾病局部定位思想;研究對(duì)象為分子、基因、蛋白、亞細(xì)胞、細(xì)胞、組織、器官、個(gè)體、公共衛(wèi)生等。不論是中醫(yī)學(xué)還是西醫(yī)學(xué)，從二者現(xiàn)有的思維方式的發(fā)展趨勢來看，均是走向現(xiàn)代系統(tǒng)論、信息論、控制論的思維，故可引入“三論”，用科學(xué)的方法論指導(dǎo)中醫(yī)藥信息學(xué)學(xué)科發(fā)展［1］。
2從概念比較
中醫(yī)藥信息學(xué)是基于動(dòng)態(tài)現(xiàn)象運(yùn)動(dòng)規(guī)律理論，遵循整體準(zhǔn)則和動(dòng)態(tài)準(zhǔn)則，運(yùn)用計(jì)算機(jī)與網(wǎng)絡(luò)技術(shù)研究中醫(yī)藥學(xué)領(lǐng)域信息現(xiàn)象和信息規(guī)律，對(duì)中醫(yī)藥信息進(jìn)行表示、管理、分析、模擬和傳播，以實(shí)現(xiàn)中醫(yī)藥信息的獲取、轉(zhuǎn)化與共享，提示中醫(yī)藥信息的實(shí)質(zhì)與內(nèi)在聯(lián)系的一門科學(xué)［2］。醫(yī)學(xué)信息學(xué)是探討生物學(xué)、醫(yī)學(xué)或者更廣義健康數(shù)據(jù)的采集、存儲(chǔ)、交互和展現(xiàn)過程的科學(xué)，探討如何利用信息科技來優(yōu)化這些過程的科學(xué)，以及探討如何利用這些數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)信息和知識(shí)層次各種應(yīng)用的科學(xué)［3］。
2.1研究對(duì)象不同中醫(yī)藥信息學(xué)以中醫(yī)藥信息為研究對(duì)象，強(qiáng)調(diào)以“人”為中心，包括健康的、疾病的及其相互轉(zhuǎn)換的，并且是在時(shí)間、空間維度及背景方面的綜合多維信息;醫(yī)學(xué)信息學(xué)是以生物學(xué)的、醫(yī)學(xué)的或者更廣義的健康數(shù)據(jù)為研究對(duì)象，強(qiáng)調(diào)以“病”為中心，主要針對(duì)實(shí)驗(yàn)室疾病數(shù)據(jù)的防病抗病信息。
2.2研究內(nèi)容不同中醫(yī)藥信息學(xué)以中醫(yī)藥領(lǐng)域信息動(dòng)態(tài)現(xiàn)象運(yùn)動(dòng)規(guī)律為研究內(nèi)容;醫(yī)學(xué)信息學(xué)是以生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的信息采集、存儲(chǔ)、交互、展現(xiàn)及優(yōu)化，實(shí)現(xiàn)信息和知識(shí)層次的各種應(yīng)用為研究內(nèi)容。中醫(yī)藥領(lǐng)域信息強(qiáng)調(diào)動(dòng)態(tài)的天地人三才一體的整體觀，說明中醫(yī)藥領(lǐng)域的信息主要反映人與自然、社會(huì)、人文及其相互關(guān)系的人體整體動(dòng)態(tài)功能變化及其規(guī)律，所以中醫(yī)藥信息學(xué)與醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究內(nèi)容有著根本的不同。
2.3研究方法不同中醫(yī)藥信息學(xué)與醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究對(duì)象、內(nèi)容迥異，必然導(dǎo)致研究方法的不同。醫(yī)學(xué)信息學(xué)以信息科學(xué)方法論為研究方法，運(yùn)用信息觀點(diǎn)分析和處理信息流程。中醫(yī)藥信息學(xué)也模仿和借鑒其研究方法，但中醫(yī)藥強(qiáng)調(diào)功能和整體準(zhǔn)則，以中醫(yī)藥理論和經(jīng)驗(yàn)作為分析和處理人體生命過程中出現(xiàn)的問題，不側(cè)重人體解剖結(jié)構(gòu)及其運(yùn)動(dòng)形態(tài)的改變。所以，在研究方法上需結(jié)合自身特點(diǎn)應(yīng)用醫(yī)學(xué)信息學(xué)方法并予以升華。如研究時(shí)需要中醫(yī)藥領(lǐng)域?qū)I(yè)知識(shí)平衡語義關(guān)系存在用自然語言描述時(shí)的多義性與用形式化語言描述的確定性之間的矛盾;需要領(lǐng)域?qū)＜覍?duì)知識(shí)的準(zhǔn)確理解和內(nèi)涵外延的精確把握;需要結(jié)合時(shí)間維度體現(xiàn)哲學(xué)、自然科學(xué)和社會(huì)文化背景的專業(yè)知識(shí)等。
3從知識(shí)框架比較
中醫(yī)藥信息學(xué)知識(shí)框架與醫(yī)學(xué)信息學(xué)知識(shí)框架可概括如下。兩圖中從左至右分為四列，左起第一列為中醫(yī)藥信息或醫(yī)學(xué)信息研究的對(duì)象，第二列為由基本信息轉(zhuǎn)化專業(yè)應(yīng)用領(lǐng)域的相關(guān)學(xué)科，第三列為兩種信息學(xué)均由相關(guān)專業(yè)學(xué)科組成，第四列為兩種信息學(xué)的知識(shí)結(jié)構(gòu)，說明兩者都是交叉學(xué)科，涉及到一些中間領(lǐng)域?qū)W科的知識(shí)門類。雖然二者構(gòu)建模式相通，但研究內(nèi)容不同，因此其研究領(lǐng)域及方向必然不同。
4研究方向比較
中醫(yī)藥信息學(xué)研究范疇可概括以下3個(gè)方面:一是基礎(chǔ)領(lǐng)域研究，如中醫(yī)藥信息論、中醫(yī)藥知識(shí)整合論、中醫(yī)藥信息學(xué)原理等;二是技術(shù)領(lǐng)域研究，如中醫(yī)藥信息的收集、存儲(chǔ)、處理及輸出等技術(shù);三是應(yīng)用領(lǐng)域研究，如中醫(yī)藥信息標(biāo)準(zhǔn)化研究包括信息表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化、信息交換標(biāo)準(zhǔn)化、信息處理及流程標(biāo)準(zhǔn)化等，中醫(yī)藥知識(shí)體系計(jì)算機(jī)表示與模擬研究包括功能診斷信息系統(tǒng)、整體數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)、臨床決策支持系統(tǒng)等、醫(yī)院管理系統(tǒng)、電子病歷、圖像處理等、中藥質(zhì)量控制、中藥藥效評(píng)價(jià)、中藥優(yōu)化設(shè)計(jì)與研發(fā)、中藥知識(shí)發(fā)現(xiàn)與管理等，中醫(yī)藥數(shù)據(jù)分析與利用研究包括利用文本挖掘方法、關(guān)聯(lián)分析方法、信息計(jì)量方法等對(duì)中醫(yī)藥研究中獲得的數(shù)據(jù)與信息及科技文獻(xiàn)信息進(jìn)行分析與利用研究等，中醫(yī)藥文獻(xiàn)信息資源研究包括中醫(yī)藥文獻(xiàn)信息資源的獲取、保護(hù)、存儲(chǔ)、處理、傳播等，中醫(yī)教育科研研究包括多媒體教育、網(wǎng)上教育、遠(yuǎn)程教育等［2］。醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究范疇可概括以下4個(gè)方面:一是原始健康數(shù)據(jù)，如影像、微陣列、生理數(shù)據(jù)等。涉及到的研究包括數(shù)據(jù)采集和集成，如實(shí)時(shí)的生理信號(hào)分析、語音識(shí)別、傳感器采集、條形碼掃描等;二是從原始健康數(shù)據(jù)中分析出來的有組織的綜合數(shù)據(jù)庫，如基因分類及其外在表現(xiàn)形態(tài)。涉及的研究主要是數(shù)據(jù)整合及數(shù)據(jù)處理，如數(shù)據(jù)倉庫、數(shù)據(jù)模型、語義網(wǎng)絡(luò)、本體論、數(shù)據(jù)儲(chǔ)存、提取、可視化及圖像處理等;三是從數(shù)據(jù)庫中抽象出來的知識(shí)庫，如詞表、術(shù)語學(xué)、本體庫、語義網(wǎng)等。涉及到的研究主要是推理及知識(shí)管理，如自然語言處理、信息抽取、數(shù)據(jù)挖掘、文本產(chǎn)生、統(tǒng)計(jì)處理、自動(dòng)學(xué)習(xí)及知識(shí)表達(dá)、知識(shí)模型等;四是從知識(shí)庫中驗(yàn)證出來的可直接應(yīng)用的知識(shí)結(jié)晶和理論，如協(xié)議、臨床實(shí)用手冊(cè)、概論等，涉及到的研究主要是知識(shí)獲取及知識(shí)應(yīng)用，如機(jī)器學(xué)習(xí)、文本解釋、知識(shí)工程、決策理論及診斷、治療、預(yù)防等。綜上，中西醫(yī)在對(duì)待臨床信息的觀念、臨床信息的放置位置、采集內(nèi)容、采集方法，尤其是臨床信息模型以及信息分析方法等均有很大區(qū)別。目前中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)廣為應(yīng)用，用中醫(yī)電子病歷來保存臨床中醫(yī)病案，用數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)來整理及查詢電子病歷等。中醫(yī)醫(yī)院已經(jīng)普遍吸納了現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的診療方法，如電子病歷在受到中醫(yī)學(xué)自身發(fā)展規(guī)律的約束之外，也必然兼容有西醫(yī)學(xué)的許多內(nèi)容，體現(xiàn)著中西醫(yī)的有機(jī)結(jié)合。當(dāng)然還存在一些有待提升的空間，如中醫(yī)專家系統(tǒng)進(jìn)入了低潮期，中醫(yī)的四診信息還未達(dá)到客觀化、規(guī)范化，對(duì)于人工智能的研究還在起步階段等。
5總結(jié)
衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究現(xiàn)狀
缺失特色理論一門學(xué)科的特色理論至少有兩方面的作用:一是代表本學(xué)科的科研水平與發(fā)展趨勢，成為學(xué)科發(fā)展的里程碑標(biāo)志;二是對(duì)專業(yè)特有概念和特有規(guī)則從理論的角度進(jìn)行系統(tǒng)解釋，使本學(xué)科區(qū)別于其他學(xué)科。筆者認(rèn)為，現(xiàn)階段還沒有一套成熟的基礎(chǔ)理論能夠明確標(biāo)志衛(wèi)生信息學(xué)成熟與完善程度，即衛(wèi)生信息學(xué)尚缺乏較為系統(tǒng)的特色理論。究其原因，一是衛(wèi)生信息學(xué)現(xiàn)有特色理論研究有待進(jìn)一步的深化研究，理論闡述本身系統(tǒng)性欠缺，不能充分凸現(xiàn)衛(wèi)生信息學(xué)的存在特征和發(fā)展需要;二是，衛(wèi)生信息學(xué)的特色研究之間的關(guān)聯(lián)研究不夠。衛(wèi)生信息學(xué)由于其是一門新興邊緣學(xué)科，主要由信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)在衛(wèi)生領(lǐng)域的應(yīng)用而產(chǎn)生，因此，生命周期理論、核心價(jià)值理論、價(jià)值理論、全宗理論和價(jià)值鑒定理論被看作為衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論。但是衛(wèi)生信息學(xué)有其本身學(xué)科特色，也有其特有的概念，這些特有的概念引伸出與衛(wèi)生信息工作相符合的衛(wèi)生信息工作規(guī)則與規(guī)律。如果簡單地把信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)的理論套用到衛(wèi)生信息學(xué)中，將會(huì)妨礙對(duì)衛(wèi)生信息學(xué)自身理論特色理論深層面的挖掘。簡單套用現(xiàn)象從信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)中“套用”其原理和方法應(yīng)用于衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科是現(xiàn)階段該學(xué)科的主要研究方法。衛(wèi)生信息學(xué)中涉及情報(bào)學(xué)、信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)等學(xué)科，它們之間的界限日趨模糊，套用信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)的原理和方法，并移植于衛(wèi)生信息學(xué)，能夠?yàn)楸緦W(xué)科開拓出許多新的研究領(lǐng)域。然而這種方法容易造成簡單套用信息學(xué)等相關(guān)學(xué)科理論，使得衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論產(chǎn)生生搬硬套、生吞活剝的套用現(xiàn)象，失去學(xué)科生命力。筆者認(rèn)為，應(yīng)在衛(wèi)生信息學(xué)研究中靈活運(yùn)用信息學(xué)、圖書館學(xué)和檔案學(xué)相關(guān)學(xué)科的概念、理論、公式，并使之與衛(wèi)生信息學(xué)進(jìn)行有機(jī)融合，使套用而來的理論根植于衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科，使衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科理論更精巧、理論理解更簡便，并在此基礎(chǔ)之上發(fā)展衛(wèi)生信息學(xué)的特色基礎(chǔ)理論。理論與應(yīng)用脫節(jié)對(duì)衛(wèi)生信息學(xué)進(jìn)行理論與應(yīng)用的研究有利于適應(yīng)高科技帶來的新現(xiàn)象、新方法、新經(jīng)驗(yàn)。衛(wèi)生信息學(xué)既是來源于實(shí)踐，又反作用于實(shí)踐?，F(xiàn)階段衛(wèi)生信息領(lǐng)域的現(xiàn)狀是基礎(chǔ)理論研究遠(yuǎn)落后于應(yīng)用實(shí)踐。如電子病歷，由于衛(wèi)生信息領(lǐng)域的特殊要求，信息技術(shù)、標(biāo)準(zhǔn)、電子簽名技術(shù)、數(shù)據(jù)庫技術(shù)等運(yùn)用與信息學(xué)學(xué)科是相一致的，但是其理論研究卻遠(yuǎn)落后于信息學(xué)學(xué)科，進(jìn)而造成電子病歷的理論研究與實(shí)際操作相互隔閡，阻礙了電子病歷信息資源的進(jìn)一步開發(fā)與利用。另外，在衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究中，對(duì)新事物、新技術(shù)不敏感，人云亦云，甚至生搬硬套外國衛(wèi)生信息學(xué)者的研究，或把外國衛(wèi)生信息學(xué)者的某些言論作為金科玉律。如對(duì)電子病歷的研究，其中有些研究者并不精通信息技術(shù)、計(jì)算機(jī)技術(shù)、通信技術(shù)與網(wǎng)絡(luò)技術(shù)方面的知識(shí)，對(duì)國外文獻(xiàn)不能領(lǐng)會(huì)其意，因此其研究成果讓人不知所以［3］。無庸諱言，如果這種情形得以存續(xù)，衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究將很難深入。
衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究思考
明確學(xué)科意義，調(diào)整理論研究的思維方式研究衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論的前提是明確什么是衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科。衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科是一個(gè)門類繁多、層次分明、結(jié)構(gòu)復(fù)雜的知識(shí)系統(tǒng)，在這個(gè)系統(tǒng)中，不僅包括自然科學(xué)、技術(shù)科學(xué)和社會(huì)科學(xué)方面的知識(shí)，而且也包括在這三大領(lǐng)域之間由于門類交叉、學(xué)科交叉、知識(shí)交叉、方法交叉所產(chǎn)生的知識(shí)。但是任何科學(xué)知識(shí)，都有自己發(fā)育的過程，都有自己的演化歷史。衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科知識(shí)也經(jīng)歷了四個(gè)演化階段:準(zhǔn)科學(xué)、前科學(xué)、常規(guī)科學(xué)、后科學(xué)［4］。該學(xué)科現(xiàn)階段仍處于前科學(xué)階段，它是研究者從各個(gè)不同側(cè)面觀察和研究事物表現(xiàn)效應(yīng)的結(jié)果，因而對(duì)同一衛(wèi)生信息實(shí)踐現(xiàn)象有著多種不同的認(rèn)識(shí)和看法。前科學(xué)階段的批評(píng)或反駁對(duì)方的批評(píng)，無論怎么激烈，誰也難以取代誰。前科學(xué)階段，科學(xué)存在的形式乃是“多重態(tài)”的科學(xué)，不可能形成排斥異己的所謂“科學(xué)共同體”。這個(gè)階段的衛(wèi)生信息學(xué)研究對(duì)象的眾說紛紜，衛(wèi)生信息學(xué)內(nèi)容結(jié)構(gòu)劃分方法的各異，衛(wèi)生信息學(xué)理論研究現(xiàn)狀的不同評(píng)價(jià)，片面追求學(xué)科分支的邏輯增長，過量移植相關(guān)學(xué)科的理論與方法等等。這是大科學(xué)觀正確認(rèn)識(shí)某一學(xué)科的思維方式，這種思維方式，是以解放思想超越自身有限經(jīng)驗(yàn)的局限為前提，以人類衛(wèi)生信息活動(dòng)的全部歷史和實(shí)踐為對(duì)象的開放型思維，這一開放型思維是開展衛(wèi)生信息學(xué)理論研究的思想基礎(chǔ)。拓展研究范疇，探尋理論研究生長點(diǎn)探尋衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科新的知識(shí)生長點(diǎn)是面對(duì)新的信息環(huán)境研究衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)的重要課題，不研究這些新課題，衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論就沒有生命力，衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科也就可能萎縮。研究衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論必須掌握衛(wèi)生信息學(xué)學(xué)科堅(jiān)實(shí)、寬廣的基礎(chǔ)理論和系統(tǒng)深入的專業(yè)知識(shí)，必須掌握與本學(xué)科研究領(lǐng)域有關(guān)的相關(guān)學(xué)科的理論知識(shí)和先進(jìn)的技術(shù)方法，只有如此才能創(chuàng)新性研究衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論。衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論的研究范疇，始終處于不斷更新和拓展的過程中，沒有更新就沒有發(fā)展，沒有局部的拓展就沒有全局的進(jìn)步。在這方面，既不可墨守陳規(guī)，也不可人為地設(shè)置和障礙。不能只強(qiáng)求“同”，而不謀求“和”。應(yīng)更加注重學(xué)科和學(xué)者的多樣化，更加關(guān)注學(xué)科的融合，探求衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論多元發(fā)展模式［5］。衛(wèi)生信息學(xué)研究不能僅從病案、醫(yī)院等實(shí)體來進(jìn)行研究，而是要順應(yīng)跨學(xué)科研究的趨勢，將現(xiàn)代信息技術(shù)與衛(wèi)生信息學(xué)理論結(jié)合起來開展前沿性課題的研究。探尋學(xué)科新的知識(shí)生長點(diǎn)與加強(qiáng)衛(wèi)生信息學(xué)理論研究不是矛盾的，而是有助于衛(wèi)生信息學(xué)理論的創(chuàng)新。信息環(huán)境新變化和衛(wèi)生事業(yè)的變革為衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究創(chuàng)造了發(fā)展的良機(jī)。在理論發(fā)展的前科學(xué)階段，衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究更多地是研究學(xué)科對(duì)象、性質(zhì)、內(nèi)容、結(jié)構(gòu)、相關(guān)學(xué)科、研究方法等方面;而當(dāng)衛(wèi)生信息學(xué)處于整體變革這一特殊階段時(shí)，基礎(chǔ)理論研究應(yīng)關(guān)注變革中出現(xiàn)的新問題，總結(jié)變革中出現(xiàn)的新理念和新方法，推動(dòng)衛(wèi)生事業(yè)變革的進(jìn)行;要審時(shí)度勢，注重學(xué)科新的框架建構(gòu)，為新理論、新方法的發(fā)展提供可容納的空間;還要關(guān)注衛(wèi)生信息學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域中的基礎(chǔ)理論問題，離開了應(yīng)用領(lǐng)域中具有普遍意義問題的研究，衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論就將成為無源之水。理論與技術(shù)融合，促進(jìn)學(xué)科發(fā)展優(yōu)勢融合理論與技術(shù)，創(chuàng)造學(xué)科發(fā)展新優(yōu)勢，是衛(wèi)生信息學(xué)基礎(chǔ)理論研究的一個(gè)新趨向。當(dāng)前現(xiàn)代信息技術(shù)突飛猛進(jìn)，衛(wèi)生信息產(chǎn)業(yè)快速發(fā)展。衛(wèi)生信息學(xué)特有的分類、編目、索引、文摘、檢索語言等專業(yè)理論和方法仍然占有重要的地位，衛(wèi)生信息學(xué)在虛擬知識(shí)空間中并沒有失去繼續(xù)存在和發(fā)展的機(jī)會(huì)。信息技術(shù)專家主要考慮怎樣提供一種智能化、自動(dòng)化、高效率的信息存取機(jī)制，而衛(wèi)生信息學(xué)專家更多地考慮衛(wèi)生信息內(nèi)容本身的合理邏輯性，尋求科學(xué)的知識(shí)建構(gòu)、組織和控制的途徑。這兩者應(yīng)該相互補(bǔ)充和支持，因?yàn)樾l(wèi)生信息學(xué)是技術(shù)敏感型的學(xué)科，在衛(wèi)生信息學(xué)發(fā)展史上，信息技術(shù)總是滲透到其業(yè)務(wù)工作和技術(shù)設(shè)備之中，并武裝了衛(wèi)生信息管理員，成為衛(wèi)生信息管理領(lǐng)域中最重要的生產(chǎn)力因素。在衛(wèi)生信息學(xué)研究中，應(yīng)用性技術(shù)研究無疑占有相當(dāng)重要的地位。衛(wèi)生信息學(xué)理論和方法必須與現(xiàn)代信息技術(shù)緊密地結(jié)合起來，只有這樣才能創(chuàng)造交叉發(fā)展的學(xué)科優(yōu)勢，并繼而使之轉(zhuǎn)化成為資源優(yōu)勢，在虛擬知識(shí)空間中產(chǎn)生顯著的效益。理論與技術(shù)相融合的關(guān)鍵，在于正確處理基礎(chǔ)與應(yīng)用的關(guān)系。重應(yīng)用輕基礎(chǔ)乃至否定基礎(chǔ)研究的價(jià)值，這是當(dāng)前衛(wèi)生信息學(xué)研究中應(yīng)該反對(duì)的一種思想傾向。基礎(chǔ)理論和應(yīng)用技術(shù)既相對(duì)獨(dú)立而又不可分割，應(yīng)用技術(shù)的發(fā)展與完善是以相應(yīng)的理論和方法為條件的;沒有基礎(chǔ)理論的指導(dǎo)，便沒有應(yīng)用技術(shù)的發(fā)展，也無法解決衛(wèi)生信息實(shí)踐所提出的現(xiàn)實(shí)問題。
