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三種CRISPR/Cas9基因敲除變異檢測(cè)方法的比較分析

作者:唐國(guó)盤; 黃安群; 孫志鵬; 匡友誼; 王勝杰; 王大偉 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院黑龍江水產(chǎn)研究所; 哈爾濱150070; 河南牧業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)院動(dòng)物科技學(xué)院; 鄭州450046; 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院; 武漢430070

摘要:比較三種常用的CRISPR/Cas9基因敲除檢測(cè)變異方法,從準(zhǔn)確性、耗時(shí)、成本和應(yīng)用限制等方面進(jìn)行評(píng)估。采用T7核酸內(nèi)切酶I、限制性內(nèi)切酶和非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法分別對(duì)利用CRISPR/Cas9方法敲除的fibinb和ngs基因的50尾斑馬魚(yú)(Daniorerio)突變純合個(gè)體和突變雜合個(gè)體進(jìn)行檢測(cè),用野生型個(gè)體作對(duì)照;同時(shí)用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳對(duì)CRISPR/Cas9方法敲除的ogn和ddb1基因的突變雜合個(gè)體進(jìn)行了檢測(cè)。結(jié)果表明:三種方法均能夠區(qū)分突變雜合個(gè)體,其中T7核酸內(nèi)切酶I檢測(cè)法耗時(shí)最短,但該方法不能用于鑒定突變純合個(gè)體;限制性內(nèi)切酶檢測(cè)法能夠用于鑒定純合個(gè)體,但需要有特異性的識(shí)別位點(diǎn);非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法能夠區(qū)分純合和雜合個(gè)體,對(duì)序列無(wú)依賴性,能夠檢測(cè)出序列中存在的所有變異。成本上,非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法最經(jīng)濟(jì);限制性內(nèi)切酶的價(jià)格存在較大的差異,因此檢測(cè)成本依賴于酶的價(jià)格。三種檢測(cè)方法各有優(yōu)缺點(diǎn),在應(yīng)用實(shí)踐中可根據(jù)試驗(yàn)需要選擇合適的方法。

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