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大豆Argonaute4的生物信息學(xué)分析

作者:曹樂生; 王晗慧; 張?zhí)煨? 解莉楠 東北林業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 黑龍江哈爾濱150040

摘要:在RNA介導(dǎo)的DNA甲基化途徑(RNA-directed DNA methylation pathway)中,Argonaute4(AGO4)蛋白是DNA被甲基化修飾的關(guān)鍵蛋白。研究大豆中Argonaute4蛋白能夠?yàn)榇蠖辜谆芯康於ɑA(chǔ),本研究參考NCBI、Phyto-zome、Uni Prot KB等網(wǎng)站及數(shù)據(jù)庫,對(duì)擬南芥的AGO4基因進(jìn)行同源性分析,確定了大豆中AGO4蛋白及其基因序列,并對(duì)其進(jìn)行分析預(yù)測(cè)。研究發(fā)現(xiàn),大豆中AGO4包括3個(gè)基因Gm AGO4A、Gm AGO4B、Gm AGO4C,它們的一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)都很相似,三級(jí)結(jié)構(gòu)有差異,大豆AGO4C與擬南芥AGO4結(jié)構(gòu)更相似。在302個(gè)野生大豆品系中對(duì)Gm AGO4的3個(gè)基因的外顯子進(jìn)行核酸及蛋白序列的分析,發(fā)現(xiàn)一些大豆品系的蛋白質(zhì)由于突變?nèi)S結(jié)構(gòu)發(fā)生了變化。對(duì)大豆中AGO4及其參與的甲基化途徑的研究具有指導(dǎo)意義。

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